Авторы «Фронта тайной войны» продолжают свое полное драматизма повествование: «Только под давлением неопровержимых фактов, представленных следователем, Пеньковский наконец-то признался, что он шпион… Он еще долго пытался выгородить себя, путано говорил о конкретных фактах его шпионской деятельности… Однако острый ум и терпение Александра Васильевича, его логическое мышление и опыт ведения расследований дали свой результат…»
По версии советских властей, подполковник Гвоз-дилин установил, что Пеньковский «задолго до того, как его выгнали из армии, выведывал военные секреты лишь у безответственных болтунов из числа военнослужащих, с которыми этот враг устраивал совместные кутежи». О том, что же побудило полковника изменить Родине, авторы брошюры ни словом не обмолвились. На вопрос «Когда и почему Пеньковский встал на путь предательства?» ни Александр Васильевич, ни представитель обвинения в суде вразумительного ответа так и не дали.
После того как сценарий судебного разбирательства был разработан, с обоими обвиняемыми, чтобы те ничего не напутали, провели репетицию. Дело дошло до того, что их до начала процесса свозили в здание суда и ознакомили с залом заседаний. Судебное разбирательство прошло гладко, без сучка и задоринки, как большинство судебных процессов. Военный суд под председательством генерал-лейтенанта В.В. Борисоглебского вызвал четырех свидетелей, двое из которых были знакомыми Пеньковского, и девятерых экспертов, которые подтвердили наличие на квартире обвиняемого шпионского оборудования, секретный характер передаваемых им на Запад материалов и т. д. В ходе вопросов и ответов на суде вновь была повторена и подытожена вся история шпионажа Пеньковского, направленного против Советского Союза, с момента его первой лондонской встречи с представителями британской и американской разведок. В начале слушания дела генерал Горный заявил: «…Обвиняемый Пеньковский — честолюбивый карьерист и морально разложившийся тип, который ступил на путь предательства своей Родины и начал сотрудничать с разведками империалистических стран. В конце 1960 года, пользуясь положением заместителя начальника иностранного отдела Государственного комитета по координации научно-исследовательских работ, а также безграничным доверием сотрудников, имея к тому же возможность встречаться с иностранцами, посещающими Советский Союз в составе всевозможных научных и культурных делегаций, пытался вступить в контакт с американской разведслужбой…»
В ходе рутинной процедуры разбирательства дела из вопросов к обвиняемым и их ответов присутствующим в зале суда стало известно о передаче Пеньковским на Запад секретных материалов, о тайниках, которыми он пользовался, о его контактах со связными иностранных спецслужб, о частотах радиосвязи и условных кодах. На всеобщее обозрение было выставлено шифровальное устройство, найденное на квартире Пеньковского.