Благодаря своим высоким профессиональным способностям Роман в концлагерь выслан не был и находился в Бутырский тюрьме, где успешно работал криптологом. С началом Отечественной войны в 1941 году Роман был освобожден и вместе с отцом жил в эвакуации в Уфе. Роман Кривош продолжал свою службу как специалист-криптограф Спецотдела НКВД и в 1942 году был награжден медалью «За трудовое отличие». Его отец В. И. Кривош-Неманич умер 4 августа 1942 года в Уфе.
Штатным сотрудником Спецотдела стал и Иван Александрович Зыбин. Еще долгие годы он успешно работал в криптослужбе, помогая создавать уже советскую школу криптологов. Перед молодыми сотрудниками он не боялся рассказывать, что одно время дешифровал некоторые письма Ленина! Впрочем, дело это было не очень сложным. Дальнейшая его судьба до сих пор остается неизвестной.
Работа Спецотдела началась с детального изучения наследия, полученного из архивов специальной службы дореволюционной России. Это были шифры, их детальное описание, документы по дешифровке, материалы шифроперехвата. Среди этих документов, в частности, были материалы по дешифровке шифров Турции, Персии, Японии, других государств, а также копии и оригиналы шифров США, Германии, Японии, Китая, Болгарии, учебные пособия и т. д.
Сотрудники отдела тщательным образом изучали эти материалы, осознавая важность своей работы. Большую роль в этот и последующий периоды сыграли знание и опыт бывших царских криптологов. При их активном участии при Спецотделе были организованы шестимесячные курсы, на которых изучались основы криптографии, решались задачи по дешифровке. На курсы набирали людей способных и грамотных. Первый выпуск курсов состоял из 14 человек, пятеро из которых пришли на работу в дешифровальное отделения Спецотдела, а остальные — в другие отделения.
Необходимым условием успешной работы Спецотдела было наличие материалов шифроперехвата. В способах их получения сохранялись традиции дореволюционных служб. Кроме снятия копий с шифровок иностранных государств, проходивших через Центральный телеграф или доставленных дипломатической почтой, чем занимался отдел Политконтроля, был усилен перехват шифротелеграмм, передаваемых по радиоканалам. С этой целью были задействованы военные радиостанции, предоставленные в распоряжение Спецотдела радиовещательные станции, в частности радиостанция Коминтерна. Однако несовершенство радиоприемной аппаратуры, а также сильная изношенность не могли обеспечить высокую достоверность текстов перехватываемых шифротелеграмм.
Таким образом, к сложностям первых лет работы Спецотдела, связанным с невысокой общей подготовленностью и немногочисленностью личного состава, добавлялись сложности, связанные с недостатком и низким качеством материалов для дешифровки. Перед руководством Спецотдела встала задача организации и налаживания работы всех звеньев специальной службы в стране, включая получение шифроматериалов и техническую оснащенность радиостанций. В связи с этим Спецотделом проводилась работа по разработке и изготовлению специальной техники. В тесном контакте работал Спецотдел с Иностранным отделом (далее — ИНО) ВЧК, контактируя и имея связь с агентурой, ориентированной на «добычу» шифров и кодов.