Части специальной службы войск НКВД осуществляли ведение радиоразведки. На них возлагались задачи разведки эфира, осуществления радиоперехвата, шифрованной радиопереписки, предварительной обработки этих данных из радиосетей и радиоточек.
В целях повышения уровня подготовки и обучения специалистов-криптологов еще в августе 1940 года при 7-м отделе ГУГБ НКВД была создана криптологическая школа особого назначения (далее — ШОН) со сроком обучения в один год. С началом Отечественной войны эта школа перебазировалась в Уфу.
Непосредственным начальником ШОН был С. А. Коган. Криптологические дисциплины в школе преподавали такие криптологи, как А. В. Австриаков, Б. А. Аронский, И. И. Мишин, С. С. Толстой. Занятия по иностранным языкам вели как отечественные специалисты (А. П. Шумский, А. Д. Гичко, В. И. Кривош-Неманич и др.), так и иностранцы: китаец Киджи, француз Булей, немец Мориц и др.
В апреле-мае 1941 года в криптослужбу НКВД было мобилизовано около 50 молодых ученых Московского государственного университета (далее — МГУ) — математиков и физиков, а также выпускников Военной академии связи. Они не только смогли быстро найти в ней свое место, но и привнесли в криптоаналитическую работу новые идеи. Если «старые» специалисты умели кропотливо, шаг за шагом накапливать информацию о ключе шифра противника, то математики, анализируя логику построения лишь частично известного ключа, находили алгоритмы его существенного пополнения. Инженеры и физики начали создавать и внедрять в анализ шифров вспомогательную технику. Эти два фактора способствовали осуществлению качественного «рывка» в раскрытии часто меняющихся ключей вермахта.
В декабре 1942 года на базе ШОН НКВД и 3-го учебного отделения Высшей школы ГШ КА была организована Специальная школа 5-го Управления НКВД в составе двух отделений с десятимесячным сроком обучения. Первое отделение этой школы готовило кадры криптоаналитиков для дешифровки военной переписки, а второе отделение — для дешифровки дипломатической переписки. Получаемые в школе специальные и языковые знания позволяли ее выпускникам быстро включаться в работу.
В годы Отечественной войны подразделения дешифровальной службы пополнялись в основном за счет окончивших Специальную школу, в которой были подготовлены многие ведущие специалисты. Специальная школа, а также ряд криптологических подразделений, находящихся в Уфе, подчинялись А. И. Копытцеву. Вместе с передачей 3-го отделения Высшей школы ГШ КА в состав Специальной школы из НКО были переведены опытные криптологи, в том числе М. С. Одноробов, Н. В. Пишенин, Г. И. Пондопуло, М. И. Соколов, А. Ф. Яценко и др.