С этой целью «Кондор» был оснащен шифромашинами «Энигма» усиленной версии. Связь между руководителем немецкой разведки в Испании адмиралом Канарисом и генералом Франко также осуществлялась с помощью шифратора «Энигма».
Мощнейшая немецкая служба по перехвату и дешифровке информации — «Научно-исследовательский институт Германа Геринга» — организовала в Саламанке под прикрытием компании «Buro Linde» и в Пальма-де-Майорка свою службу. Они оперативно предоставляли данные о перехвате и дешифровке информации республиканской армии штабу Франко, что позволило его армии значительно повысить эффективность боевых действий.
Такая активность немецких спецслужб не осталась без внимания Я. К. Берзина, и в начале 1937 года его агентам удалось похитить шифратор «Энигма» под номером K-203, чтобы проанализировать в СССР, как он функционирует. Если бы Иосиф Сталин не уничтожил русскую криптослужбу, существовала бы большая вероятность того, что к началу 1941 года русские криптоаналитики могли бы, как и английские коллеги, раскрыть «Энигму» и читать шифрованную переписку немцев, что повлияло бы на исход боев РККА в 1941 году.
Следующим шифратором, который использовался как республиканской армией, так и на начальной стадии мятежниками, был механический шифратор «Крыга» (нем. Kryha). Ее разработчиком был немец украинского происхождения Александр Крыга, фамилия которого с украинского переводится как лед. Этот шифратор применяли в основном на дипломатических каналах связи МИД Испании. Безопасность этих шифров была мифической. В 1933 году группа американских криптоаналитиков во главе с Уильямом Фридманом и Соломоном Кульбаком затратила всего 41 минуту, чтобы расшифровать криптограмму длиной в 1135 символов.
Вероятно, и Германию, и СССР устраивало то, что они могли читать дипломатическую переписку: одни — своих врагов, другие — своих союзников и знать их намерения. Очевидно, это было важно для обеих стран, так как Гитлер опасался союза Испании с Англией, а Сталин после многократной критики со стороны некоторых членов правительства Испании опасался, что большинство будет против сотрудничества с СССР.
Естественно, такой двойной контроль за деятельностью МИД Испании не мог не сказаться на его сотрудничестве с зарубежными странами. В результате граница между Испанией и Францией была закрыта, и военная помощь СССР Испании резко ограничилась, а доставлять грузы по морю из СССР в условиях активизации подводного флота Германии и Италии стало чрезвычайно опасным делом.
Начавшиеся в 1937 году массовые репрессии среди сотрудников РУ РККА нарушили деятельность советской военной криптослужбы. Поток дешифрованной информации о деятельности франкистской армии, которую отправляли в Испанию, значительно сократился, а без этой жизненно важной для республиканцев информации стало намного сложнее осуществлять боевые операции.