На машинную шифросвязь в годы войны легла основная нагрузка при передаче секретных телеграмм. Только в 8-м (режимном) Управлении ГШ КА с 1941-го по 1945 годы было обработано свыше 1,6 миллиона шифротелеграмм и кодограмм. Временами нагрузка на шифровальщиков Управления доходила до 1500 телеграмм в сутки. В штабах фронтов нормой считалась суточная нагрузка до 400 телеграмм, в штабах армии — до 60. Вместе с шифрами гаммирования применялись шифры многоалфавитной замены. За годы войны 8-м Управлением ГШ КА нижестоящим штабам и войскам было разослано порядка 3,2 миллиона комплектов шифров.
К концу 1944 года в 130 военных шифрорганах были на вооружении шифровальные и кодировочные машины M-100/101 и К-37. Так, в 1943 году в войска было отправлено свыше 90 комплектов М-101, а к концу войны в эксплуатации всего находилось 396 комплектов техники специальной связи.
За время войны «Курсы усовершенствования командного состава шифрослужбы» и учебные команды фронтов и военных округов подготовили и отправили на фронт более пяти тысяч специалистов-шифровальщиков. Они с честью справились с возложенными на них задачами, обеспечивая машинной шифросвязью Ставку Верховного Главнокомандующего, Генеральный штаб, Управления НКО, Тегеранскую, Ялтинскую и Потсдамскую международные конференции.
Офицеры-конструкторы 8-го Управления ГШ КА в годы войны занимались не только созданием новых образцов шифротехники. Внедрение ее в войска и обучение работе на ней — вот что было их основным занятием. Конструктор М. С. Козлов в военные годы отправлялся на фронт 32 раза! А утром 9 мая 1945 года, получив срочное предписание госбезопасности и Генерального штаба, вылетел самолетом «Дуглас» в Берлин для участия в работе комиссии по отбору и отправке в СССР самого ценного оборудования заводов и фабрик гитлеровской Германии по репарации. Только из Карлсхорста и Потсдама для нужд мастерских по ремонту шифровально-кодировочной техники им было вывезено три вагона оборудования.
В конце 1945 года были подведены итоги эксплуатации шифровально-кодировочной техники в действующей армии. В это же время проводилась исследовательская работа по дальнейшему повышению криптостойкости применяемой техники, а также намечались пути и направления по созданию новых моделей М-104 «Аметист» и М-105 «Агат». Наряду с шифром гаммирования широкое распространение получил шифр колонной замены, техническая реализация которого была заложена еще в 1930-е годы в кодировочной дисковой машине К-37.
В 1950-е годы на замену M-105 «Агат» пришла модель М-125 «Фиалка», которая стала основной шифромашиной в СССР и странах Варшавского договора во время «холодной войны» до 1990-х годов. Она была основана на принципе немецкой «Энигмы» и имела десять роторов, установленных на одной оси, с нанесенными на них 30 буквами русского алфавита. Машины M-125 включали модели «M-125-MN», а начиная с 1978 года — более сложные модели «M-125-3MN» и «М-125-3МР3» с многоязычной клавиатурой и регулируемыми роторами.