Найденные в таблицах кодобозначения подписывались под этими буквами, цифрами или слогами в таком порядке, чтобы цифра, обозначавшая единицы в каждом двузначном кодобозначении, приходилась под цифрой десятков (например, кодобозначения 31 или 05 писались как 3/1 или 0/5).
После окончания набора все эти обозначения (столбцы) разбивались на группы по пять столбцов и писались в следующем порядке, разделяясь группа от группы чертой: сначала по порядку, считая слева направо, все группы из верхних цифр (обозначавших десятки), а затем в таком же порядке, отделяясь такой же чертой, группы из нижних цифр (обозначавших единицы).
Если в последней группе оказывалось менее пяти столбцов, но больше двух (например, 460/391), то последнее обозначение повторялось для пополнения группы до пяти столбцов (46000/39111). Если же таких обозначений оставалось одно или два (например, 5/2 или 68/93), то их следовало писать в одну строку, а группу дополнить до пяти цифр повторением последнего обозначения (например, 5/2 писать 52222, а 68/93 — 68933).
Кроме Николая II, экземпляры этого шифра имелись у трех великих князей, военного министра, начальника Генерального штаба, начальника Главного штаба, начальников канцелярии и законодательного отдела военного министерства, у начальников главных военных управлений, командующих войсками в округах, начальников окружных штабов, корпусов, крепостей, дивизий, бригад, у Председателя Совета министров, министра внутренних дел, министра иностранных дел и некоторых других лиц. Всего в списке лиц, которые владели экземплярами этого шифра, значилось 76 лиц.
Описанный выше показатель сообщался особым письмом, в том числе императору, начальником Главного штаба.
Второй шифр Николая II — «Особый шифр № 1 Государя Императора». Являлся кодом с перешифрованием. Перешифрование представляло собой двузначную гамму, которая периодически менялась после каждых 19 знаков по линейному закону. Это перешифрование также можно классифицировать как маскировку, поскольку оно легко снималось, как только дешифровщик получал информацию о процессе ее получения (из даты отправки телеграммы). Как и предыдущий, этот код состоял из самостоятельных кодовых таблиц (их было уже 13), которые содержали по 99 словарных величин (букв, слогов, цифр) каждая.
Пользовались этим шифром следующим образом. Подлежащие набору слова текста разбивались слева направо на группы по 19 букв каждая, в последней группе букв могло быть меньше. В начале каждой группы ставилась черта. Для набора произвольно выбиралась одна из 13 наборных таблиц и ее номер ставился в начале первой 19-буквенной группы над чертой. При наборе каждой буквы первой 19-буквенной группы к каждому числу, имевшему соответствующее кодобозначение, прибавлялось одно и то же число, называемое «ключом телеграммы». Этот ключ определялся из числа и месяца, которые писались в начале текста телеграммы. Чтобы определить ключ данной телеграммы, следовало сложить число указанного дня с числом, соответствующим указанному месяцу.