Алексеев был последователен в признании вероятных союзников и противников России в будущей большой европейской войне. Он считался откровенным «противником» Германии, в которой видел главную военную опасность для Отечества. Не случайно Михаил Васильевич говорил сослуживцам:
— Германия в своей основе имеет Прусское королевство. А Пруссия ещё с Семилетней войны стремилась к территориальным захватам. Историю, господа, забывать нельзя... Но Алексеев не мог не знать о том, что официальный Берлин долгое время искал путей политического сближения с сильной Российской империей. За сближением на дипломатическом поприще должно было последовать сближение в военных вопросах.
Свидетельства таким «поискам» появились вскоре после завершения Русско-японской войны. Даже несмотря на то, что Берлин в той войне явно «маячил за спиной Страны восходящего солнца».
Берлин искал союзников. Не случайно в октябре 1907 года появился на свет секретный протокол между Россией и Германией по Балтийскому вопросу, подписанный в Санкт-Петербурге. От России - товарищем министра иностранных дел К. А. Губастовым. От Германии - статс-секретарём (министром) иностранных дел бароном фон Шеном.
Балтийский протокол практического значения не имел. Но когда впоследствии о нём стало известно, генерал Алексеев на одном из служебных совещаний заметил:
— Наша держава могла оказаться втянутой в неприятности на балтийских водах.
— Но протокол реализации не получил.
— Пусть так. Берлин пустых для себя договоров не заключает...
Любопытно, что пятидесятилетний генштабист уже тогда привлекал к себе внимание людей, которым было суждено стать его сподвижниками по Белому движению. Именно благодаря их воспоминаниям до нас дошли характеристики Михаила Васильевича Алексеева.
Крупнейший военный историк, теоретик русского Зарубежья, белоэмигрант Н. Н. Головин хорошо знал Алексеева лично. Их близкое знакомство состоялось тогда, когда Головин в годы Первой мировой войны длительное время исполнял должность генерал-квартирмейстера Ставки Верховного главнокомандующего. Он писал:
«...Генерал Алексеев являлся выдающимся представителем нашего Генерального штаба. Благодаря присущим ему глубокому уму, громадной трудоспособности и военным знаниям, приобретённым им самим в индивидуальном порядке, он был на голову выше остальных представителей русского Генерального штаба».
В этой оценке обращает на себя внимание то, что Головин подчёркивает: обширные, энциклопедические познания в военных науках Михаил Васильевич приобрёл в «индивидуальном порядке». То есть он всю свою сознательную жизнь занимался самообразованием, познавая то, что не дала ему даже Николаевская академия Генерального штаба.