Святейший синод разрешил провести кружечный сбор по церквам Российского государства. Купеческий банк открыл специальный счёт. В числе добровольных взносов был и взнос от имени офицеров и генералов Генерального штаба.
Строительство храма началось в 1910 году на берегу Невы, ближе к Финскому заливу, при впадении в Неву Ново-Адмиралтейского канала. Храм-памятник возводили художник-архитектор М. М. Перетяткович, инженер-строитель С. Н. Смирнов и прославленный скульптор Б. М. Микешин. Во время торжеств при закладке Спаса на Водах в его фундамент был замурован солдатский Георгиевский крест. Внутренняя отделка храма производилась по рисункам академика Н. А. Бруни.
Храм-памятник погибшим в Цусимском морском сражении русским морякам был торжественно открыт 31 июля 1911 года в присутствии императора Николая II и членов императорской фамилии, высших государственных и церковных лиц. В торжествах приняла участие делегация Генерального штаба, в том числе и генерал Алексеев.
Спас на Водах стал одним из самых почитаемых храмов российской столицы, особенно в среде военных моряков и участников Русско-японской войны. Однако историческая судьба православный храм не уберегла.
Цусимский храм Спас на Водах был уничтожен до фундамента в конце марта 1932 года при С. М. Кирове, фактическом главе города Ленинграда. Как православную церковь храм ликвидировали («национализировали») ещё в 1918 году. Было запрещено в нём богослужение, а само здание отдано под «культурные нужды» близлежащего завода...
30 октября 1908 года Михаил Алексеев производится в чин генерал-лейтенанта. С его получением он теперь входит не только по служебному положению, но и по воинскому званию в ряды высшего генералитета Русской армии.
Одновременно с присвоением чина генерал-лейтенанта Алексеев назначается на новую должность. Она оказалась той, которую ему в ходе Русско-японской войны прочил император Николай II, - начальник штаба приграничного Киевского военного округа.
«Высочайшим приказом 30 августа 1908 года за отличие по службе произведён в генерал-лейтенанты с назначением начальником штаба Киевского военного округа».
Прощание с сослуживцами прошло в трогательной обстановке. Из оперативного отделения Генерального штаба уходил на повышение работник не просто опытный, а ещё и авторитетный, деятельный и работоспособный. В прощальном «особом» приказе начальник Генштаба засвидетельствовал следующее:
«...Вся предшествующая служба Алексеева отмечена верным и настойчивым служением его интересам армии и, в частности, генеральному штабу на разнообразных должностях, которые он занимал... Он всегда брал на себя львиную долю работы и стремился быть незамеченным...».