В марте 1608 года указом императора Гоесэя Такуан был назначен сто пятьдесят третьим настоятелем храма Дайтокудзи. Для простого монаха в тридцать семь лет это была невиданная честь, поскольку в Японии того времени было только два храма, Дайтокудзи и Месиндзи, которые пользовались особым покровительством императора. Монахам этих храмов разрешалось носить пурпурные мантии. Но вскоре Такуан отказался от новой должности, написав в стихотворении, что является странствующим монахом и поэтому не может жить в столице в золотой клетке. После этого он много лет путешествовал по стране, общаясь с людьми, занимаясь писательством и восстановлением нескольких дзэнских храмов. Так он прожил до 1628 года, когда был сослан, оказавшись причастным к «выступлению пурпурных мантий».
До этого времени главного священника храма Дайтокудзи всегда назначал император, но Иэясу, первый сёгун правительства Токугава, пытаясь распространить свою власть на все сферы жизни, пожелал делать это сам. Император Гомидзуно в гневе отрекся от престола. Вскоре после этого Иэясу умер, так и не добившись своего, но второй сёгун, Хидэтада, продолжил его дело. Хидэтада предъявил столь высокие требования к священникам, что монахи Дайтокудзи выступили с протестом, за что Такуан и еще пятнадцать священников были лишены званий и сосланы на север Японии. Но уважение к Такуану было настолько велико, что ему разрешили поселиться в имении даймё провинции Каминояма (ныне – провинция Ямагара). Такуан прожил здесь с 1629 до 1632 года.
В ссылке Такуан продолжал общаться с людьми, которые приходили к нему со всех уголков страны. Вдохновленные изучением дзэн под руководством Такуана, его последователи Есиро-но-ками и Мацумото Садаеси вскоре основали, соответственно, школу Дзитокуки-рю поединка на копьях и школу Исси-рю поединка на мечах. Кроме того, живя в замке Каминояма, Такуан заложил на его территории парк. К этому же времени относится и его эссе об искусстве создания парков в дзэнском стиле.
После смерти Хидэтада в 1632 году к власти пришел третий сёгун, Иэмицу, который пожаловал Такуану амнистию и разрешил поселиться в Эдо (ныне – Токио), а еще через три года позволил ему вернуться в Киото. По приезду в Эдо Такуан оказался в необычном положении. Три года назад он был лишен звания и сослан за протест против действий первых двух сёгунов, а теперь он должен был служить третьему сёгуну, Иэмицу.
2 июля 1637 года Такуан и два других буддийских священника из числа сосланных вместе с ним были приглашены в замок Эдодзе, резиденцию