"Предварительным и судебным следствием установлено, что Вавилов с 1925 года явлвлся одним из руководителей антисоветской организации, именовавшейся "Трудовая крестьянская партия", а с 1930 года являлся активным участником антисоветской организации правых, действовавшей в системе Наркомзема СССР и некоторых научных учреждений СССР... В интересах антисоветских организаций проводил широкую вредительскую деятельность, направленную на подрыв и ликвидацию колхозного строя, на развал и упадок социалистического земледелия в СССР... Преследуя антисоветские цели, поддерживал связи с заграничными эмигрантскими кругами и передавал им сведения, являющиеся государственной тайной Советского Союза...
Вавилова Николая Ивановича подвергнуть высшей мере наказания - расстрелу, с конфискацией имущества, лично ему принадлежащего. Приговор окончательный и обжалованию не подлежит".
Обжалованию в судебных инстанциях приговор действительно не подлежал, но оставалась призрачная надежда на помилование, Вечером того же дня Вавилов пишет письмо Калинину: "Обращаюсь с мольбой в Президиум Верховного Совета о помиловании и предоставлении возможности работой искупить свою вину перед Советской властью и советским народом.
Посвятив 30 лет исследовательской работе в области растениеводства (отмеченных Ленинской премией и др.), я молю о предоставлении мне самой минимальной возможности завершить труд на пользу социалистического земледелия моей Родины.
Как опытный педагог клянусь отдать всего себя делу подготовки советских кадров. Мне 53 года".
Только 26 июля стало известно, что в помиловании Н. И. Вавилову отказано.
Вавилов пишет письмо Берии:
"Первого августа 1941 года, то есть три недели после приговора, мне было объявлено в Бутырской тюрьме Вашим уполномоченным от Вашего имени, что Вами возбуждено ходатайство перед Президиумом Верховного Совета СССР об отмене приговора по моему делу и что мне будет дарована жизнь".
8 августа. И еще раз - ему же:
"...мог бы закончить в течение полугода составление "Практического руководства для выведения сортов культурных растений, устойчивых к главнейшим заболеваниям"... В течение 6-8 месяцев мог бы закончить при напряженной работе составление "Практического руководства по селекции хлебных злаков" применительно к условиям различных районов СССР".
Мы уже никогда не узнаем, было ли Вавилову известно, что тогде же, летом сорок первого, в какой-то из московских тюрем (да уж не в той ли же и Бутырке?) томился Леонид Ипатьевич Говоров, его старый, еще со студенческих лет, друг а потом и сотрудник, доктор биологических наук, работавший в знаменитом ВИРе - Всесоюзном институте растениеводства. В Леониде Ипатьевиче, старом русском интеллигенте, еще были живы представления о настоящей дружбе и истинной порядочности, а потому, узнав об аресте Вавилова, он помчался из Ленинграда в Москву. Вот он дойдет до товарища Сталина и все ему расскажет, он раскроет товарищу Сталину глаза на то, что это за великий ученый - Николай Иванович Вавилов и что это за подлецы сидят в НКВД. Так его не то что к Сталину - даже к ничтожному Маленкову не допустили. А по возвращении в Ленинград арестовали. Несколько дней не спавший и ничего не евший, разбитый морально и физически, он послушно поплелся за чекистами в "Кресты". А потом вернулся в Москву - теперь уже на казенный счет. 9 мая 1941 года Военная коллегия Верховного суда СССР по обвинению в участии в контрреволюционной террористической организации приговорила Говорова Л. И. к смертной казни. В исполнение приговор был приведен 27 июля 1941 года.