Положение Лукреции действительно стало опасным. Проспери писал Изабелле: «Вижу, что донна очень расстроена, это событие нехорошо для нее с любой точки зрения. Вы, Ваше Сиятельство, и сами это прекрасно понимаете…» Скончался папа, источник власти и влияния, защита и опора. Брат серьезно болен и не смог прийти к ней на помощь, правда, оставаясь правителем Романьи, в расчетах Эсте он по-прежнему присутствовал, хотя никто не взялся бы предугадать, каким станет его положение после избрания нового понтифика. Что же до собственного положения Лукреции в качестве жены Альфонсо, то государственных причин, подтолкнувших герцога Феррары к заключению этого брака, более не существовало, к тому же король Франции выступил против Чезаре. Более того, все понимали, что причина развода ее с Джованни Сфорца, якобы из-за несостоявшейся консумации, являлась фарсом. Развод этот можно было оспорить, а потому, как заявил Людовик, брак ее с Альфонсо был незаконным. Хуже всего, с точки зрения Лукреции, была неудачная попытка подарить Эсте наследника. В настоящий момент неопределенность будущего Чезаре играла ей на руку, однако то, что герцог Эсте не делал попытки расторгнуть брак, говорило в ее пользу: она показала себя в Ферраре с хорошей стороны и по праву заняла там достойное место. Все Эсте (единственное исключение — Изабелла) искренне ее полюбили. Нет ни одного свидетельства, что когда-либо они задумывали от нее избавиться. Впрочем, если бы они на это решились, им пришлось бы вернуть ей огромное приданое. В этом ли было все дело или в чем-то другом, но такой вопрос ни разу не поднимался. По свидетельству Проспери, Эсте не оставили ее в горестном положении: Ипполито приехал из Меделаны, чтобы сообщить Лукреции трагическую новость о смерти отца, и даже если Эрколе немедленно не навестил ее, то, прежде чем ехать в Бельригуардо, это сделал Альфонсо. Можно не сомневаться, что прежде он проконсультировался с отцом.
Неизвестно, знала ли Лукреция о печальных и страшных подробностях смерти отца и его похорон. Ходили слухи об отравлении. Некоторые утверждали даже, будто на обеде 5 августа Борджиа по ошибке отравили друг друга. На тот обед их пригласил друг, Адриано да Корнето, недавно назначенный кардиналом. Чезаре и Александр, по слухам, вознамерились отравить хозяина и завладеть его имуществом, однако произошла путаница с бокалами вина, и они, мол, выпили яд, предназначавшийся для их жертвы. Разговоры эти иллюстрируют страшную атмосферу, окружавшую Борджиа, если люди верили в такой фарсовый сценарий. Франческо Пэнзага, находившийся в то время на острове Фарнезе, послал Изабелле отчет о смерти Александра, к которому присовокупил рассказ, согласно которому покойный понтифик, словно Фауст, заключил договор с дьяволом: