3 августа по приказу Альфонсо начался суд над заговорщиками. Проходил он без огласки, в доме Сиджизмондо д'Эсте. Сначала вынесли приговор в отношении Альбертино Боччетти, Герардо Роберти и Францискино Боккаччо да Рубьера. Обвинение против Ферранте и Джулио огласили соответственно 25 августа и 9 сентября. Судьями были самые известные в Ферраре люди. 9 сентября старший судья, Антонио Костабили, прочитал обвинительный приговор. То, что заговорщиков привлекли к суду, показало приверженность Альфонсо данному им слову — соблюдать закон. Суд вынес в отношении преступников разные, хотя и суровые решения. Ферранте находился под арестом с 29 июля. Альфонсо сам тогда препроводил его в замок и поместил в башне Маркезана. Четыре дня спустя окна тюремного помещения наполовину заложили, чтобы Ферранте не мог выглянуть наружу.
В тот же день по распоряжению Альфонсо из Карпи доставили Герардо Роберти. С большой площади его вывели на пьяцетту, где уже собралась любопытная толпа. Из окон герцогских апартаментов за этим эпизодом наблюдали Альфонсо, Лукреция и Ипполито. После герцог навестил Роберти в темнице замка. Во время допроса Альфонсо рассвирепел, схватил палку и нанес узнику такой удар, что чуть не выбил тому глаз. Роберти заковали в кандалы и посадили в глубокую подземную тюрьму Большой бал пни. Раскрытие заговора и заключение преступников в тюрьму отметили звоном всех колоколов. В тот вечер по всему городу пылали костры. Так продолжалось три дня. Лукреция вместе со знатными женщинами Феррары выстояла в соборе торжественную мессу, слушала хор. После по извилистым городским улицам прошел крестный ход. В шествии приняли участие Альфонсо, Ипполито, аристократы и большинство жителей Феррары.
Лукреция, без сомнения, тяжело переносила последние события, напряжение в семье и общая атмосфера при дворе действовали на нее угнетающе. Она хорошо относилась и к Ферранте, и к Джулио. Ферранте на церемонии в Ватикане исполнял по доверенности роль ее мужа и сопровождал ее в долгом путешествии в Феррару. А когда летом она уезжала на одну из вилл Эсте, спутником ее частенько бывал Джулио, к тому же она отдавала ему предпочтение как отличному партнеру в танцах. Ипполито был безжалостен и на уговоры не поддавался, Альфонсо реагировал бурно и эмоционально. 19 августа, не выдержав напряжения, Лукреция на несколько дней уехала в Бельригуардо. Альфонсо нервничал и смотрел на всех с подозрением. Он отдал приказ, согласно которому доступ в замок имела только его охрана. Должно быть, он обидел Лукрецию, выставив ее из красивых, недавно отремонтированных апартаментов замка и переместив в покои палаццо Корте, те самые, которые занимала она во время его отсутствия. Проспери докладывал Изабелле: