Лукреция умерла в ту ночь «в пятом часу», прожив два месяца после тридцать девятого своего дня рождения. Альфонсо написал два личных письма — Федерико Гонзага, своему племяннику, и неизвестному другу. Первому он написал: «Я не могу удержаться от слез: страшно тяжело лишиться такой милой, славной подруги, какой она всегда была для меня. Мы нежно любили друг друга. В этот горький час я прошу тебя об утешении, хотя я знаю, ты разделяешь мое горе, и мне было бы легче, чтобы кто-нибудь поплакал вместе со мной, а не обращался ко мне со словами утешения…»Во втором письме он написал, что его «любимая супруга после нескольких дней болезни, сопровождавшихся сильнейшей лихорадкой и жутким calarro [возможно, туберкулезом], приняла Святые Дары Церкви и с искренним смирением, отличавшим всю ее жизнь, отдала свою душу Богу. Она оставила меня в страшном горе, ибо эта ничем невосполнимая потеря оказалась к тому же и совершенно неожиданной. О придавившем меня горе я пишу Вам и другим, кто любит меня, потому что… мне кажется, это принесет мне некоторое облегчение…»
Лукрецию похоронили в монастыре Корпус Домини. Сегодня она лежит под простой мраморной плитой вместе с Альфонсо и двумя их детьми, Александром и Изабеллой (последним рожденным ею ребенком, пережившей мать только на два года), а также с матерью Альфонсо, Элеонорой Арагонской. Рядом с ними могила старшего сына Лукреции и Альфонсо, герцога Эрколе II. В другой могиле лежит его дочь, внучка Лукреции, тоже Лукреция. Она умерла в монастыре, будучи монахиней, и там же покоится Элеонора д'Эсте, единственная дочь Лукреции. Она тоже стала монахиней монастыря Корпус Домини.
В 1570 году Феррару потрясло страшное землетрясение. Оно почти уничтожило красоту того города, который знала Лукреция. Ее внук, Альфонсо II. перестроил замок. В 1597 году, когда он, последний законный правитель из рода Лукреции и Альфонсо, скончался, многие церкви и дворцы все еще лежали в руинах. На следующий год папа Климент VIII изгнал из города Чезаре д'Эсте, внебрачного внука Альфонсо (после смерти Лукреции герцог взял себе в любовницы Лауру Дьянти). Клименту VIII удалось сделать то, чего не получилось у понтификов Юлия II и Льва X. Чезаре удалился в Модену с тем, что осталось от наследия Эсте. Папский легат, кардинал Альдобрандини. забрал сокровища Альфонсо I — картины Тициана — и увез их в Рим.
Феррара, бывшая одним из самых блестящих дворов Европы XV и XVI веков, впала в апатию и стала бледной тенью самой себя. Тем не менее Феррара сохранила романтический флер. Джеймс Босуэлл увидел «прекрасные руины великого города». В 1846 году Диккенс писал о притягательности длинных молчаливых улиц, полуразрушенных дворцов со стенами, обвитыми виноградником, напомнившим ему приспущенные знамена. Габриэле д'Аннунцио назвал Феррару «городом безмолвия». Об Эсте, увы, уже не вспоминают.