В конце июня 1500 года Борджиа пережили драматические события: папа чудом избежал смерти, когда на Ватикан налетела страшная гроза, вызвавшая обрушение крыши тронного зала, где в то время находился понтифик.
Сиенский банкир Лоренцо Чиги, с которым он в то время разговаривал, погиб на месте. Кардинал Капуи и тайный папский камерарий Гаспар Пото спаслись тем, что укрылись в оконных нишах. Александра уберег балдахин, висевший над папским троном, однако понтифик получил удар по голове и потерял сознание. В апартаментах этажом ниже Чезаре покинул комнату незадолго до обрушения, а вот три человека, оставшиеся в помещении, погибли. Разнесся слух, что папа умер, и вооруженные люди сбежались в Ватикан, но, несмотря на то, что Александр потерял тринадцать унций крови, он быстро поправился. Санудо, первый посторонний человек, посетивший папу после трагедии, обнаружил его в окружении семьи — Лукреции, Санчи, Чезаре и Жофре. Если там и был Альфонсо Бисельи, хронист его не упомянул. Однако он заметил возле кровати семидесятилетнего понтифика одну из фрейлин Лукреции, фаворитку папы. Молодые Борджиа осознали в этот раз, насколько их судьба зависела от жизни отца. Несмотря на необычайную энергию, Александр был подвержен обморокам и лихорадкам, должно быть, он страдал от высокого кровяного давления. Плохо только, что эта его слабость стала общеизвестна.
Через две недели, в среду 15 июля, на Альфонсо Бисельи напали «неизвестные люди» прямо на ступенях базилики Святого Петра. Франческо Капелло сообщил во Флоренцию на следующий день:
Вчера в три часа ночи [он] покинул дворец и в сопровождении всего лишь двоих слуг пошел домой. Дом его находится на площади возле базилики Святого Петра. На ступенях базилики Святого Петра, под балконом, его неожиданно атаковали четверо до зубов вооруженных мужчин и нанесли ему три удара: один — по голове (рана очень глубокая), другой — по плечу. Любой из этих ударов мог оказаться смертельным. Еще одно ранение в руку опасности не представляет. Лекарь счел раны очень серьезными и призвал положиться на волю Божью. Вечером консилиум осмотрел раненого и подтвердил, что положение тяжелое. О том, кто мог его ранить, никто не говорит. В Риме шушукаются, что сделано это кем-то из своих, слишком уж много во дворце ненависти, и старой, и новой, много зависти и ревности по политическим и иным причинам. Как всегда, обстоятельства таких происшествий пытаются скрывать. Рассказывают, что раненого герцога унесли назад, во дворец, что папа встал с постели и пошел проведать его, а мадонну Лукрецию долго не могли привести в сознание.