Поскольку Зейбот был квалифицированным специалистом в области статистики, его и назначили 27 сентября 1920 года на должность помощника начальника Регистрационного управления Полевого штаба Революционного военного совета республики. Грамотный, преданный, умеющий считать, он оказался в нужное время в нужном месте. 15 апреля 1921 года Зейбот стал начальником Разведупра штаба РККА. Он организовал научный учет сведений о вооруженных силах иностранных государств, которые имели общие границы с Советской Россией.
Перед Разведывательным управлением, которым руководил Зейбот, стояло много задач. В одной из инструкций тех лет говорилось, что Разведупр штаба РККА должен был решать задачи по организации «…самостоятельной глубокой стратегической агентурной разведки в иностранных государствах; получения и обработки всякого рода изданий иностранной прессы, военной и военно-статистической литературы; вести издание материалов по всем видам разведки с составлением сводок, описаний и обзоров; заниматься подготовкой заключений о возможных стратегических предположениях и планах иностранных государств, вытекающих из данных о подготовке к войне».
Как видно, значение статистическому учету в военной разведке придавалось большое. Зайбот знал, как это делать. Но он не знал другого и, несомненно, главного — как добывать данные, которые можно было бы учитывать, обобщать и анализировать. А такие знания необходимы человеку, который руководит коллективом разведчиков.
Даже неполный перечень задач — свидетельство того, что в 1918–1924 годах советская военная разведка, укомплектованная преданными новой власти бойцами, не имевшими опыта и знаний в области ведения разведывательной работы, только училась действовать за рубежом, отстаивать свои рекомендации, подготовленные на основе добытых материалов в приграничных государствах. Авторитет у советской власти военная разведка приобретала с большим трудом. Мешали становлению военной разведки отсутствие профессионалов-разведчиков и неизбежные ошибки в организации этого трудного и опасного дела. В ноябре 1922 года, например, в связи с окончанием Гражданской войны Разведывательное управление было преобразовано в разведывательный отдел, а число сотрудников военной разведки было сокращено в три раза — с 275 до 91 человека. Зейбот доказать высшему руководству страны ошибочность такого решения не смог, но он понимал, что это решение — крупная ошибка, наносившая вред военной разведке.
Зейбот понимал, что для профессионального руководства военной разведкой он не в полной мере подходит.