К Лебедеву Доихара проявил особый интерес. Видимо, Лебедев допустил какие-то ошибки в своей тайной работе, о которых стало известно Доихаре и его людям. Японцы поняли, что Лебедеву, который позволял себе тратить деньги на различные развлечения, средств постоянно не хватало. Лебедев оказался «слабым звеном» в агентурной сети, которую с большим трудом формировали в Северном Китае Берзин и его соратники. Тайная борьба советской и японской разведок наиболее остро и бескомпромиссно проявилась в Гирине.
В Харбине начальником отдела японской контрразведки был Кубота. Он подчинялся Доихаре и был активным исполнителем отдельных элементов долговременных планов этого разведчика. Подчиненные и агенты Куботы собирали компромат на всех лиц, прибывших из СССР в Харбин и Гирин. В середине 1928 года Лебедев оказался в паутине японской контрразведки.
В Гирине Лебедев не смог добиться успехов в выполнении задания разведывательного отдела Сибирского военного округа. Поэтому в начале января 1929 года было принято решение о его переводе в Сеул. Отъезд Лебедева из Гирина подтолкнул Доихару к активным действиям. Он решил, что настало время для окончательной реализации основного этапа его замысла — подрыву авторитета СССР в Маньчжурии. Доихара не стал дожидаться появления Лебедева в Сеуле. По дороге из Гирина в Корею Лебедев должен был миновать Харбин. Проехать через Харбин ему не удалось. Как только он прибыл в город, его арестовали китайские полицейские, действовавшей по указке японцев.
Когда Лебедев находился в полицейском участке, к нему прибыл Кубота. Японец был готов к беседе с Лебедевым. Он предоставил ему факты, раскрывавшие разведывательную деятельность Лебедева в Гирине. Кубота был настойчив. Он предложил Лебедеву выбор — защиту со стороны японцев за сотрудничество с ними и крупное вознаграждение или длительное тюремное заключение. Лебедев сдался и согласился на сотрудничество с японцами. Так японская контрразведка получила от Лебедева данные о лицах, которые оказывали услуги советской военной разведке.
Позже Кубота также предложил Лебедеву проникнуть в коммунистическую организацию в Корее и в Японии, выдал ему на расходы около 1000 иен и приставил ему в качестве сопровождающего своего сотрудника японца Томинагу.
Получив сведения об источниках советской разведки, Доихара заставил прояпонские китайские власти провести в Харбине и Гирине аресты тех советских граждан, с которыми встречался Лебедев. Были среди них лица, благожелательно относившиеся к СССР и выполнявшие отдельные задания военной разведки.