В системе Кальвина жестокость и безжалостность к любому «грешнику» — высший закон; в соответствии со своим мировоззрением Кальвин полагает, что именно ему предопределено Богом проводить в жизнь этот закон, и поэтому он обязан, даже вопреки своей собственной природе, быть безжалостным; и вот он непрерывно, систематическим самовоспитанием ужесточает эту свою безжалостность, он словно в высоком искусстве «упражняет» себя в нетерпимости: «Я упражняюсь в суровости при борьбе со всевозможными пороками».
Следует признать, что этот человек с железной волей весьма преуспел в своих упражнениях. Часто говорит он, что, если бы перед ним стояла альтернатива — предать мучениям невиновного или дать одному-единственному грешнику ускользнуть от Божьего суда, он предпочел бы первое, а когда однажды одна из многих казней по неопытности палача затянулась и причинила казнимому непредусмотренные мучения, Кальвин, как бы извиняясь, пишет Фарелю: «Наверняка не без указания Бога произошло то, что приговоренному пришлось претерпеть столько страданий». Когда дело касается «Божьей чести», лучше пусть будет жестче, чем мягче, аргументирует Кальвин. Только беспрерывными наказаниями можно создать нравственное человечество.
Нетрудно представить себе, как жестоко в этом еще средневековом мире внедрялась в жизнь идея о неумолимом Христе, о Боге, постоянно «оберегающем свою честь». Уже в первые пять лет господства Кальвина в относительно небольшом городе тринадцать человек повешено, десять обезглавлено, тридцать пять сожжено, кроме того, семьдесят шесть человек изгнаны, не говоря уже о многих успевших бежать от террора. Очень скоро переполняются все тюрьмы «нового Иерусалима», и, как вынужден сообщить Совету смотритель тюрем магистрата, он не может принять более ни одного арестованного.
Ужасным истязаниям подвергают не только приговоренных, но и просто подозреваемых, иные обвиняемые подвалам пыток предпочитают самоубийство; наконец Совет вынужден выпустить даже распоряжение: «дабы избежать происшествия подобного рода», арестованных надлежит денно и нощно содержать в ручных кандалах. Никогда, однако, не услышишь слова Кальвина, требующего приостановить подобные ужасы; наоборот, по его настоятельному совету кроме тисков для пальцев и приспособления для растяжки сухожилий при допросах начинают применять также chauffement des pieds — пытку поджариванием подошв. Ужасна цена, которую город платит за «порядок и воспитание», никогда за всю свою историю Женева не знала столько смертных приговоров, столько наказаний, пыток и изгнаний, сколько принес ей Кальвин, ставший во славу Божью властелином города. Бальзак справедливо полагает, что религиозный террор ужаснее всех кровавых оргий французской революции. «Дикая религиозная нетерпимость Кальвина была в моральном плане более решительной и бессердечной, чем политическая нетерпимость Робеспьера, а если бы Кальвину было предоставлено более широкое поле деятельности, чем Женева, он пролил бы несравненно больше крови, чем ужасный апостол политического равенства».