В общей сложности за ночь погибли 14 манифестантов, около 600 человек получили ранения и травмы.
С военной точки зрения силовики добились выполнения всех целей, поставленных центром. Однако политические последствия событий в Вильнюсе сделали эту победу пирровой. Ситуацию особенно усугубила беспомощная ложь Горбачева на следующий день после кровопролития: генсек якобы спал и не знал, что происходит в Литве.
Власти тут же подверглись обструкции, причем осудить действия силовиков поспешили даже Верховные Советы союзных республик, включая РСФСР. В результате войска из Вильнюса были выведены, а Литва стала фактически независимой. Она открыла список республик, вышедших из состава СССР.
События в Прибалтике использовал в своих интересах Борис Ельцин. Для него происходящее стало частью общей интриги против Горбачева как президента СССР. Уже 13 января он приехал в Таллин и там сделал с главами прибалтийских республик совместное заявление о взаимной поддержке и признании суверенитетов.
Однако события в Вильнюсе оказались лишь разминкой перед столкновениями в соседней республике — Латвии.
Здесь в качестве локомотива перемен выступило движение «Народный фронт». Опять-таки, это движение изначально занималось историческими, культурными и экологическими вопросами. Как и в случае с «Саюдисом», НФ Латвии включал в себя не только либералов, но и реформатское крыло компартии. Однако от борьбы за окружающую среду латышские активисты быстро перешли к политическим требованиям. События развивались по схожему с литовским сценарию. В 1990 году «Народный фронт» получил большинство в местном Верховном Совете, и 3 мая последовало принятие декларации независимости.
Когда шла стрельба в Вильнюсе, в Риге строили баррикады. Однако атаки со стороны войск Союза не последовало. Горбачев был слишком деморализован неожиданно жесткой и массовой реакцией, которую вызвала операция в Вильнюсе. Но произошло то, чего никто не мог ожидать, — верность гибнущему Советскому Союзу продемонстрировали силовики на месте. В январе 1991 года баррикады начал атаковать рижский ОМОН — по собственной инициативе.
Отряды милиции особого назначения появились в СССР поздно: приказ об их создании датируется 3 октября 1989 года. Идея сформировать подразделения для охраны общественного порядка в нестабильные 80-е была безусловно здравой, и можно только сетовать, что зачастую на предотвращение погромов и пресечение массовых беспорядков бросали никак не подготовленные к этому армейские части. В Риге отряд сформировали в рамках общей программы. Поначалу рижское подразделение оставалось вне политики, однако вскоре омоновцам пришлось включиться в охватившую СССР смуту.