На что бы ни надеялся Ельцин, Украина добивалась полной независимости и хотела использовать СНГ для переговоров о разводе, а не о повторном браке. Разногласия между Россией, которая в этом органе видела средство удержания постсоветского пространства под своим контролем, и Украиной стали очевидны в январе 1993 года, когда Кравчук отказался подписывать устав СНГ. Украина таким образом не вошла окончательно в объединение, ею самой же и созданное в декабре 1991 года. Страна активно участвовала в его экономических и прочих мирных проектах, но избегала военных. На протяжении 1990-х годов Киев отклонил, кроме устава, еще целый ряд соглашений о коллективной безопасности в рамках СНГ. Правительство не скрывало, насколько расходится с Кремлем по вопросам будущего советских вооруженных сил, управления ядерными арсеналами и принадлежности Черноморского флота.
Украинское правительство еще на заре независимости решило формировать вооруженные силы из соединений советской армии и Черноморского флота, расположенных на территории УССР. Государства Прибалтики настояли на выводе советских войск и создали свои армии с нуля, но Киеву такой вариант явно не подходил. Трудно было надеяться, что 800 с лишним тысяч солдат и офицеров просто уйдут. Идти им было некуда, ведь Россия и так уже ломала голову, куда деть те сотни тысяч, что вернулись из стран Варшавского договора. Члены рухнувшего соцлагеря навсегда покидали сферу влияния Кремля, обретая полный суверенитет.
Политическое руководство доверило преобразование советских вооруженных сил в украинские 47-летнему генерал-майору Константину Морозову, командующему воздушной армией. Осенью 1991 года он стал первым в независимой Украине министром обороны. Наполовину русский, уроженец Ворошиловградской (теперь Луганской) области, он связал свою судьбу с Украиной, когда присягнул ей 6 декабря — за два дня до встречи президентов в Беловежской пуще. Третьего января 1992 года такую присягу Украине принесла первая группа офицеров, а уже к весне восьмисоттысячная армия целиком перешла под сине-желтое знамя. Офицерам следовало либо перейти в войска Украины, либо уехать в Россию или другую бывшую республику СССР. В частях, что базировались на Украине, насчитывалось 75 тысяч этнических русских. Только 10 тысяч отказались присягать и ушли в отставку либо перевелись за границу. Рядовые и младший командный состав просто уезжали домой после демобилизации, а новобранцы прибывали только с Украины.
В январе 1992 года переходить под новый флаг начали и части Черноморского флота. Но преградой этому процессу стала позиция командующего, адмирала Игоря Касатонова, — он при поддержке российского руководства вывел все корабли с командами в море. В мае 1992 года это привело к первому заметному похолоданию в российско-украинских отношениях. В сентябре Кравчук и Ельцин согласились на раздел флота, чтобы не дойти до открытого конфликта. Задача оказалась непростой. Долгое время флот (свыше 800 кораблей и около 100 тысяч личного состава) пребывал под началом России. В 1995 году она передала Украине 18 % судов, не покидая при этом главную базу флота — Севастополь. В 1997 году страны заключили ряд договоров, которые дали Черноморскому флоту России (300 кораблей и 25 тысяч личного состава) право находиться там до 2017 года. Компромисс дал возможность подписать договор о дружбе с Россией — с гарантией территориальной целостности. Его ратификация в Государственной думе затянулась до 1999 года. Только тогда в Киеве вздохнули с облегчением: Украина как будто завершила “цивилизованный развод” с бывшей метрополией.