Альянс с римским папой в 50-х годах XIII века стоил Даниилу не только неудачной войны против монголов, но и добрых отношений с православным духовенством, как византийским, так и собственным. После взятия Константинополя крестоносцами в 1204 году раскол восточного и западного христианства утратил характер богословского спора и банальной тяжбы иерархов за контроль над паствой. Ромеям нанесли кровную обиду, и присланный из Царьграда митрополит не уставал настраивать жителей Руси против католиков. В Галицко-Волынской державе Даниил усмирил церковную оппозицию, но с патриархом ему не удалось найти общего языка. Когда в 1251 году Кирилл, ставленник князя, прибыл в Никею (Константинополь еще не отбили) за благословением, его сан митрополита подтвердили на том условии, что он уедет из юго-западной Руси, где светская власть затеяла сближение с Римом. Кирилл, уроженец Галицкой земли, перебрался во Владимиро-Суздальскую.
Перенос митрополии официально утвердили лишь в 1299 году при Максиме, преемнике Кирилла греческого происхождения. В 1325 году уже в Москву из Владимира кафедру перенес другой клирик, который родился и сделал карьеру при Данииле и его потомках, — митрополит Петр. Это стало важным фактором усиления Московского княжества, ядра будущего Российского государства. Монгольское владычество над современной Центральной Россией было намного жестче и длилось дольше, чем над остальными частями Руси. Москва, Рязань, Владимир располагались ближе всех к центру Золотой Орды. Орда же дала северо-восточным Рюриковичам титул великих князей всея Руси — так было легче управлять подданными и собирать с них дань. За него стали соперничать московские и тверские государи. В итоге те, в чьей столице осел митрополит, закрепили за собой великокняжеское звание — статус представителей хана на подвластной тому восточнославянской территории.
Кафедра переехала с берегов Днепра на Клязьму и Москву-реку, но осталась митрополией всея Руси. Однако в Константинополе в 1303 году Юрию, внуку Даниила, позволили основать собственную. Столицей ее стал Галич, титуловали же нового архиерея митрополитом Малой Руси. Под его омофор ушли шесть из пятнадцати епархий, некогда подчинявшихся Киеву, среди прочих и Туровская, на территории нынешней Белоруссии. Таким образом утвердилось название “Малая Русь” (Микра Росия) — что, по мнению ряда исследователей, служило грекам синонимом “ближней” или “внутренней” Руси. Значительно позже, в форме “Малороссия”, это слово станет предметом ожесточенных споров о национальной идентичности украинцев. Со второй половины XIX столетия к малороссам относят тех, кто так или иначе поддерживал идею “общерусской нации”, куда входили бы и русские, и украинцы.