Новость о заключении договора с Польшей вынудила Алексея Михайловича обратиться к казакам и призвать их выступить против “предателя” Выговского. Российские ратники и местные противники гетмана, включая запорожцев, заняли территорию южной части государства. Весной 1659 года Выговский издал собственное воззвание, где доказывал, что царь не соблюдает договор с казаками, попирает их права и свободы. Он дождался прихода союзников-крымцев и ударил с ними по авангарду огромной армии противника. Конотопская битва (возле современной границы двух стран) в июне 1659 года стала громкой победой Выговского. Оценка российских потерь сильно разнится — от 5 до 15 тысяч. В любом случае, как писал С. М. Соловьев, “цвет московской конницы сгиб в один день”. Татары принялись грабить южные пределы России. По Москве даже пошли слухи, что царь бежит куда-то на север.
Выговский не стал вести казаков в поход на Россию. И после Конотопской битвы в его государстве держались кое-где российские гарнизоны, а казацкое восстание против гетмана только разгоралось. Масла в огонь подлили новости об утверждении Гадяцкой унии сеймом. Депутаты отредактировали текст, выбросив оттуда часть обещаний, данных украинцам польскими послами. Территорию Русского княжества ограничили все теми же тремя воеводствами (Киевским, Черниговским и Брацлавским), притязания гетмана на Волынь и западное Подолье не удовлетворили. Реестр установили в 30 тысяч казаков и 10 тысяч наемного войска — на 20 тысяч меньше, чем дал Гетманщине царь по итогам Переяславской рады. А ведь Юрий Немирич сам выступил в Варшаве перед сеймом и заявил: “Мы рождены в свободе, воспитаны в свободе и как вольные люди ныне возвращаемся к ней”. Увы, депутаты не пошли до конца навстречу желаниям Выговского и его канцлера. Когда гетману доставили из Польши текст урезанного договора, он сказал гонцу: “Ты со смертью приехал!”
Теперь среди казацкой элиты мало кто не считал Выговского изменником. Немирича убили в бою с приверженцами Москвы. Других членов делегации на сейм казнили по постановлению рады, созванной врагами злополучного гетмана, — сам он успел бежать. Выговский выиграл все битвы, в которых лично принимал участие, как против мятежных казаков (например, у Полтавы), так и против русских — под Конотопом. Тем не менее его программу сближения с Польшей старшина отвергла. Оставив булаву, он уехал на Подолье, возглавил Барское староство, сохраняя за собой и титул киевского воеводы, а также место в сенате Речи Посполитой. Эта привилегия была единственным пунктом Гадяцкой унии, который не остался на бумаге.