Правление Выговского открывает новый этап в истории казацкой Украины — этап кровавой междоусобицы. Гетманщина не имела достаточно войск для обороны, поэтому ее вождю следовало хранить единство казачества и одновременно маневрировать между соседними державами. Такая задача мало кому была по плечу. Хмельницкий-старший держал подчиненных в узде строгими мерами — Максима Кривоноса, полковника и зачинщика массовых погромов в 1648 году, велел приковать к пушке, других и вовсе предал смерти. Выговский же не уберег государство от раздоров, и булава перешла Юрию Хмельницкому, избранному заново после бегства предшественника. Впрочем, восстановление династии никак не облегчило участи страны.
Юрий пришел к власти осенью 1659 года с помощью той части старшины, что надеялась на подтверждение Москвой прав и свобод, “дарованных” его отцу. Только в ходе переговоров они поняли, как жестоко просчитались. Новая рада, созванная российским воеводой и окруженная его сорокатысячной армией, подтвердила полномочия молодого гетмана, однако на значительно худших условиях. С этих пор для избрания гетмана требовалось позволение царя, он же утверждал назначенных гетманом полковников, а права на самостоятельную внешнюю политику Украину полностью лишили. В крупных городах страны размещались российские гарнизоны.
Результатом изгнания Выговского стали не уступки со стороны Алексея Михайловича, как надеялась партия приверженцев царя, а наоборот — ограничение автономных прав Войска Запорожского. Воеводы в январе 1660 года послали Хмельницкому письмо, где внушали ему, что новые подданные царя не имеют права своевольничать ни при каких обстоятельствах. В Суботов, родовое имение Хмельницких, доставили труп Даниила Выговского — брата “изменника” и зятя покойного Богдана, попавшего в руки противника после неудачной атаки на их гарнизон в Киеве. Юрий расплакался. Риторический вопрос польского дипломата Беневского воспроизводит это зрелище: “Когда бы увидел [Богдан Хмельницкий] другого зятя неслыханно замученного, когда бы увидел тело его, истерзанное кнутом, пальцы отрезанные, глаза вынутые и серебром залитые, уши, буравом просверленные и серебром залитые”[23]. Впрочем, согласно донесению в Москву, пленник умер от болезни.
Если царь и его бояре хотели запугать юного гетмана и старшину, то просчитались. Согласно тому же источнику, искалеченные останки не только заставили Юрия расплакаться, но привели в ярость окружающих. Молодая вдова Даниила Выговского проклинала убийц. Шанс отомстить представился осенью того же 1660 года. Под Чудновом, во время битвы российской армии против польской, которую поддерживали крымские татары, Хмельницкий и его войско переменили сторону и присягнули Яну Казимиру. Русские были разгромлены, а командующий, Шереметев, попал на двадцать лет в татарский плен.