Новгород заплатил Москве откуп в 15 с половиной тысяч рублей серебром. А Марфа Борецкая стала на место мужа, ещё более обозленная на Москву.
Первыми в походе на Новгород к селу Бронница, что в 20 верстах от Новгорода, примчались касимовские татары во главе с царевичем Данияром. Они же захватили близлежащие монастыри.
Передовым полком командовал брат Ивана, двадцатипятилетний Андрей Меньшой. Ополченцами из Костромы командовал Даниил Холмский, Фёдор Давыдович Хромой – коломенцами, Стрига Оболенский – владимирской ратью. Полком Правой руки командовал брат Ивана, Андрей Большой. В полку были воины из Углича, там же тверичи, ратники из Дмитрова и Кашина. Полк Левой руки подчинялся ещё одному брату Ивана – Борису Волоцкому, при нём отряд удельного князя Василия Михайловича Верейского.
В Большом полку воеводами Иван Юрьевич Патрикеев, Василий Образец, под которым ополчение из Боровичей. За Семёном Ряполовским ополчение суздальское и юрьев-польское. За князьями Александром Васильевичем Оболенским и Борисом Михайловичем Оболенским рать из Можайска. Василий Сабуров возглавлял ополченцев из Галича, Ростова и Ярославля.
Воеводы Большого и Передового полков 24 и 25 ноября перешли по льду Ильменского озера и заняли Городище, княжескую резиденцию.
Сам царь вначале установил резиденцию в походном шатре в селе Тухоля, близ озера Ильмень, но вскоре перенёс её в Лошинское село, в Троицкий Клопский монастырь, известный связями с Москвой.
Царь не хотел брать город штурмом, тогда неизбежно будут потери среди ратников и мирных горожан. Тянул время, надеясь на осаду. В городе уже голодно. Но и новгородцы надеялись, что морозы и недостаток провизии заставят москвичей уйти. Помог Псков, посылавший санные обозы с провизией. Но и Пскову приходилось трудно. Ещё 10 октября в городе вспыхнул страшный пожар, уничтоживший большую часть деревянного города, много людей погиб-ло. Сейчас псковское войско занимало позиции в устье Шелони.
В городе к январю начался сильный голод. Простолюдины выкрикивали на площадях за мир с Москвой. Но и в войске Ивана начался голод. Съестные припасы из обозов закончились. Иван отдал распоряжение оставить в полках половину ратников, а остальным грабить население деревень, сёл и городов в окрестностях.
По приказу стрелецкого головы Панкратия десяток Фёдора тоже был отправлен за провиантом. Затины оставили в полку, были при саблях. Для провизии взяли двое саней. А куда ехать? Где деревни? Санных путей почти не видно. С проходом московской рати напуганные селяне перестали ездить и в соседские деревни и тем более в Новгород.