Весной 1480 года с застав по засечной черте и сопредельных земель стали поступать тревожные донесения о появлении лазутчиков Ахмата, его конных разъездов. Искали броды через реки, дороги высматривали. Так всегда бывает перед появлением большой армии. Иван направил в Крым срочным порядком посольство. Уговорились, что в случае нападения Ахмата на Русь Менгли-Гирей нападёт на земли Казимира, давнего союзника Большой Орды, тем самым свяжет армию Казимира, не даст напасть с западных границ. Ещё одно посольство отправилось к ногайскому мурзе Ямгурчею, дабы через него снестись с Ибаком.
К сожалению, посольство запоздало, Ямгурчей был в походе, и Ибак с помощью опоздал. Однако исполнил функцию важную – убил Ахмата в становище.
Иван стал рассылать во все удельные княжества и города грамоты с призывами готовить ополчение – людей, оружие и припасы, огненные и съестные, и быть готовыми выступить к Коломне. Иван ошибочно посчитал, что Ахмат двинет свою армию на Москву самой короткой дорогой.
Летом 1480 года Ахмат в степях собрал сильное войско. Иван приказал ополчению собираться у Коломны. Но братья примиряться не желали. Иван опасался, что в самый опасный момент, когда Ахмат начнёт войну, братья со своими ратями ударят в спину. И основания для такого беспокойства были. Докладывали люди из ближнего окружения братьев, что к Ахмату выехали переговорщики. Вполне могло быть, что за помощь в войне с Иваном Ахмат даст ярлык на княжение Андрею, самому честолюбивому и завидующему из братьев. Уже когда Ахмат с войском был недалеко, братья прислали Ивану письмо: «Если исправишься и притеснять нас не будешь, а станешь держать нас как братьев, то придём к тебе на помощь».
Иван был вынужден пойти навстречу братьям, отписал Андрею Большому Можайск, и только в последний момент, когда противников разделяла только Угра, братья привели свои войска под руку Ивана.
Иван помощи был рад, любезен с братьями, но ничего не забыл. Пока был жив наследник Великого князя Иван Молодой, князь братьев не трогал, щадил. Но как только Иван Молодой умер, да ещё повод случился – в 1492 году Андрей отказался послать Ивану в помощь своё войско, Иван не сдержался, прямо в Кремле арестовал непокорного брата. Заключили его в тюрьму, а охраняли не простые воины, а князья служилые да бояре. Андрей так и умер «в железах» в узилище через два года. Тогда же двух сыновей Андрея арестовали в Угличе, перевезли в Переяславль, где держали «в великой истоме» много лет, до смерти.
Повод в 1492 году был серьёзен. В Большой Орде после смерти Ахмата большая замятня пошла. К власти рвались многие, отравления и удавка на шею были обычным делом. Орда развалилась на части. На союзника Ивана, Менгли-Гирея, ордынцы войной пошли. Верный союзническому договору, Иван стал собирать армию идти в Крым. Борис Волоцкий прислал полк, а Андрей отказался. Дело было ещё в мае, а когда Андрей в сентябре приехал в Москву, Иваном был принят ласково. На следующий день, пока бояре Андрея были в одной комнате, в другой, где был Иван, он был схвачен.