После ареста Лаврентия и Сергея Берия всех полковников КГБ сняли с должностей начальников отделов КБ-1. Начальниками отделов стали ученые и конструкторы. Заняв соответствующие высокие должности, две выдающиеся личности — А. А. Расплетин и Г. В. Кисунько — стали претендовать на лидерство.
На фоне общепризнанного авторитета А. А. Расплетина в реализации принципов создания первой в СССР системы ПВО роль Кисунько была менее заметной и значимой. А. А. Расплетин был полностью поглощен вопросами подготовки к государственным испытаниям системы С-25, обеспечением ввода в строй многочисленных объектов системы, обсуждением этапов повышения технических характеристик системы путем ее модернизации. В этой ситуации проблема ПРО стала для Кисунько «палочкой-выручалочкой», с помощью которой он мог выйти в лидеры.
После сводного отчета Лившица стало ясно, что для создания системы ПРО потребуются огромные силы. Лившиц был настоящим кабинетным ученым, но не организатором. Кисунько обладал даром и ученого, и организатора.
В августе 1954 года с отчетом лаборатории Н. А. Лившица познакомились Расплетин и Кисунько. Проблема ПРО все более увлекала Кисунько, и он поручил ознакомиться с отчетом своему заму Елизаренкову.
2 февраля 1955 года вышло новое постановление ЦК КПСС о продолжении исследований по проблеме ПРО. Весной Елизаренков подтвердил вывод Лившица о возможности создания системы ПРО.
Для всесторонней проработки проблемы ПРО Расплетин и Кисунько создали тематическую лабораторию, которую поручил возглавить Елизаренкову. Вскоре к тематике ПРО ему удалось также привлечь часть людей лаборатории Лившица и своих коллег, занимавшихся системой С-25. Все они переводились в новое подразделение. Как вспоминал К. С. Альперович (см. книгу «Так рождалось новое оружие». М.: Унисерв, 2014):
В моей лаборатории вопросами слежения за ракетой-целью занималась группа Ю. Д. Шафрова, позже удостоенного — в составе коллектива разработчиков системы ПРО — Ленинской премии. Отдавать молодых талантливых специалистов не хотелось. Ответ Расплетина на мои возражения был четким: «Григорий Васильевич начал новое направление. Ему надо помогать. Отпустите всех».
Несмотря на довольно сложные отношения Кисунько с Расплетиным, оба находили время для обсуждения принципиальных вопросов создания системы ПРО. К ним оба относили построение экспериментальной радиолокационной установки на трассе полета баллистических ракет, запускаемых с полигона Капустин Яр, и экспериментального подтверждения в возможности дальнего обнаружения, сопровождения и уничтожения головной части.