В процессе облетов РПЦ по КРМ было установлено, что после набора высоты 22–25 тысяч метров при отсеке маршевого двигателя ракеты происходил срыв автосопровождения РПЦ и ГСН по скорости. Как оказалось, причиной этого было отсутствие запасов устойчивости системы сопровождения по скорости на изменение ускорения цели (до 20 g/сек). Проведенные доработки исключили срывы автосопровождения цели РПЦ и ГСН по скорости.
Успешное завершение испытаний наземных средств дало зеленый свет их серийному изготовлению. Средства первого серийного образца ЗРК были поставлены с заводов непосредственно на полигон. Вместе с опытным образцом и КП системы они составили двухканальную систему С-200.
Основным недостатком первой ГСН была плохая виброустойчивость ее СВЧ-гетеродина. Из-за этого в приемнике ГСН создавались ложные сигналы, нарушающие автосопровождение цели.
По несовершенной документации изготовление головок на серийном рязанском заводе шло с трудом и в недостаточном количестве. В 31 пуске, выполненном с июля 1961 года по октябрь 1962-го, головками были укомплектованы только 14 ракет. В условиях дефицита головок отработка самонаведения зенитных ракет проводилась с использованием парашютных мишеней, забрасываемых на необходимую высоту метеорологическими ракетами. К парашюту подвешивался специальный комплексный имитатор цели (КИЦ), переизлучавший зондирующий его сигнал со сдвигом по частоте на «доплеровскую» составляющую. Кроме того, было проведено три пуска (в июле — августе) в режиме самонаведения ЗУР на цель: два пуска по КИЦам и один — по самолету-мишени Як-25. Во всех пусках система самонаведения сработала нормально: все мишени были поражены.
В одном из пусков по КИЦу было зафиксировано прямое попадание ракеты в мишень. И тем не менее количество ГСН было явно недостаточно, а уровень отработки ГСН не позволял изготавливать их в нужном для испытаний количестве. Положение с головкой становилось критическим. В этой ситуации Расплетин решил объединить СКВ Высоцкого с ОКБ Бункина и бросить все силы на создание новой ГСН. Удивляло принятое Расплетиным решение ликвидировать отдельное подразделение Высоцкого и заменить руководство разработкой ГСН. Чего стоило Расплетину и Высоцкому, товарищам по работе и давним друзьям, принять такое решение! Высоцкий не стал участвовать в дальнейших работах по ГСН. Решив заняться другими задачами, он в июле 1963 года ушел из КБ-1.
По результатам анализа схемного и конструктивного построения существующей ГСН было предложено разработать новую ГСН и скомпоновать ее из четырех функционально законченных блоков с минимумом связей между ними. Такое построение ГСН позволяло наиболее качественно провести их разработку и испытания и тем самым обеспечить высокие характеристики ГСН в целом. Оно позволяло обеспечить рациональное массовое серийное изготовление укрупненных блоков на специализированном производстве.