В конце 80 - начале 90-х годов Богумил Грабал пишет ряд рассказов, объединенных одной общей идеей: своего рода публицистической рефлексией на события современности. Так, уже после январской демонстрации 1989 года в Праге, которая стала прологом к целой серии антиправительственных выступлений, вылившихся в конце концов в ноябрьскую "бархатную революцию", Грабал написал эссе "Волшебная флейта". В том же году он совершил поездку по университетам США, после чего в его произведениях появился новый литературный персонаж. В сборнике "Ноябрьский ураган" (1989) почти все тексты, стилизованные под письма, адресованы девушке по имени Апреленка (по-чешски Dubenka от duben - "апрель"). Так назвал американскую знакомую писателя, студентку Эйприл Джиффорд, его друг Карел Марыско. Апреленке посвящены также произведения из сборника "Кавалер роз" (1991) и некоторые более поздние, также написанные в стиле "литературной журналистики".
90-е годы были для писателя своеобразной компенсацией за два десятилетия преследований и замалчивания его творчества коммунистическими властями Чехословакии. В это время Богумилу Грабалу было присуждено около десятка престижных международных премий в области литературы, он совершил поездки по университетам Европы и США с авторскими чтениями и лекциями, а в 1996 году из рук президента Чешской Республики Вацлава Гавела получил медаль "За заслуги".
Менее чем через два месяца после этого торжественного события Грабал был госпитализирован, а еще через месяц Чехию облетело сообщение о том, что 3 января 1997 года вследствие падения из окна шестого этажа пражской больницы восьмидесятидвухлетний писатель скончался. Считается, что он выпал из окна в результате несчастного случая, кормя голубей; но существует и другая версия - о самоубийстве.
Мотив самоубийства часто встречается в произведениях писателя. Например, в начале "Волшебной флейты" падение из окна становится для повествователя своего рода символом: с шестого этажа хотели выпрыгнуть Франц Кафка и герой автобиографических "Записок Мальте Лауридса Бригге" Райнера Марии Рильке, так же свел счеты с жизнью чешский поэт Константин Библ... В один из последних своих дней рождения Грабал написал: "Зачем я буду праздновать этот день, если мне хочется умереть? Рождение - да, но по другую сторону..."
Похороны Богумила Грабала прошли при большом стечении народа, и в день восьмидесятитрехлетия писателя, 28 марта, урна с его прахом была погребена на сельском кладбище в семейном склепе под Прагой. Рассказывают, что незадолго до этого печального события над теми местами пронесся сильный ураган, вырвавший с корнем несколько толстых сосен. А как однажды пошутил сам Грабал, "ураган и проливной дождь - это верные признаки того, что Бог весел".