Присутствие в Афганистане воинского контингента требовало координации действий на уровне руководства НДПА, Ревсовета, афганской армии, оперативных частей ХАД (Службы государственной безопасности Афганистана), Царандоя (Министерства внутренних дел Афганистана). Но взаимодействие советских представительств с ними носило условный характер, что порождало несогласованность, сумятицу и не позволяло достичь нужного результата. А поступавшие советническим аппаратам указания из Москвы, совершенно не учитывавшие афганскую специфику, имели форму директив и подлежали неукоснительному исполнению.
Функции координации советнических структур мог бы выполнять главный военный советник в Афганистане, но ему не подчинялась 40-я армия. Представительства КГБ и МВД замыкались на московское руководство. Вопросы военно-политического характера, требующие рассмотрения на высшем партийном и государственном уровне, был правомочен решать только посол Советского Союза в Афганистане Табеев. Но различного рода дипломатические условности снижали качество и эффективность его работы. Таким образом, совместные операции ограниченного контингента советских войск и регулярной армии Афганистана согласовывались оперативной группой Министерства обороны СССР, возглавляемой до конца 1984 года маршалом Советского Союза С. Л. Соколовым (с 1985 года — генералом армии В. И. Варенниковым). На завершающем этапе афганской кампании Варенникову разрешили непосредственно выходить на политическое руководство Республики Афганистан.
В решении боевых задач 40-й армией оперативная группа Министерства обороны СССР выполняла роль «толкача»: вмешивалась в бою в управление войсками в звене «батальон — бригада», подменяла или дублировала командиров в боевых операциях. То есть следовала порочной практике, сложившейся в Советской армии в 70-х годах, не без участия, кстати, первого заместителя министра обороны СССР С. Л. Соколова. И то и другое приводило к непоправимым ошибкам и ставило под сомнение право командиров самостоятельно командовать войсками в боевой обстановке. В случае успеха лавры победителей, естественно, доставались оперативной группе маршала Советского Союза, а в случае неудачи головы летели с командиров, которые, как правило, были непричастны к трагедии (яркий тому пример — первая Кунарская операция в феврале-марте 1980 года). Впрочем, Сергею Леонидовичу Соколову, как руководителю оперативной группы, не составляло труда и лично организовывать бой двух-трёх батальонов. Кому-кому, а ему-то, первому заместителю министра обороны СССР, отвечавшему за боевую подготовку Советской армии, было известно, что ограниченный контингент советских войск не готов к выполнению боевых задач в Афганистане по новому сценарию развития событий.