Ушаков был в досаде. Предписание поставило его в затруднительное положение. Он не мог теперь дать команду плыть домой. В то же время это предписание, подписанное правительственными чиновниками, не могло быть принято к исполнению, поскольку государем не был отменен его же высочайший рескрипт, коим эскадре повелевалось оставить военные действия и вернуться в черноморские порты. К тому же предписание имело декларативный характер и не разъясняло главных вопросов. В частности, было не ясно, какую долю участия в боевых действиях должна занять русская эскадра. А потом... согласятся ли англичане с учреждением на Мальте (после ее освобождения) русского гарнизона? Откуда брать продовольствие для этого гарнизона и флотских команд?
Обо всем этом Ушаков написал Италинскому. Он просил его постараться ответить на поставленные вопросы как можно быстрее. Но Италинский не ответил. В конце апреля пришло письмо от первого министра королевства Обеих Сицилий генерала Актона. Ссылаясь на сообщение вице-канцлера российского правительства графа Ростопчина, министр уведомлял адмирала, что высочайшее повеление в отношении Мальты ему, Ушакову, уже послано и он, Актон, будет счастлив в скором времени еще раз встретиться с ним во владениях королевства. Ушаков направил копию этого письма Италинскому, вновь задав ему вопросы, что и в предыдущем письме.
Дни проходили за днями, а ответ от Италинского не приходил. Не было пока и высочайшего рескрипта, о котором извещал Актон. Он поступил только 2 июня.
Наконец-то все прояснилось! Павел I подтвердил: надо брать Мальту... Император предписывал Ушакову высадить на острове пять батальонов сухопутных войск - три под командой генерал-майора князя Волконского и два под командой генерал-лейтенанта Бороздина. По согласию союзных дворов, князь Волконский должен был остаться на острове с русским гарнизоном в качестве коменданта, в то время как генерал-лейтенанту Бороздину предписывалось сразу же после взятия Мальты погрузиться на корабли эскадры и вернуться с оными в Россию.
Высочайший рескрипт вносил ясность относительно представительства русских войск на Мальте. Однако Ушаков не нашел в нем ответа на один вопрос, о котором почему-то все забывали: чем кормить людей, которые будут сражаться за Мальту и стоять там гарнизоном? С кого ему, главнокомандующему, требовать провианта?
Но Ушакова тревожило не только отсутствие провианта. Пока фельдъегерь добирался до него с государевым рескриптом, на театре военных действий произошли резкие изменения. Французские войска, предприняв новое наступление в Северной Италии, наголову разбили австрийцев. Северные провинции вновь оказались в их руках. Но это не все. Овладев инициативой, они повели наступление на юг, угрожая королевству Обеих Сицилий.