Пожарский с гонцом отправил сообщение в Москву, сам же до получения ответа вернул войско в Можайск. Рать из Калуги ещё не успела выйти, а было уже 3 марта 1634 года. Если учесть зимнее время, в начале марта ещё было по-зимнему холодно, прибыть с обозами и пушками к Смоленску Пожарский мог не ранее чем через месяц, а то и полтора. Столько продержаться Шеин не мог.
Не знал тогда ни Пожарский, ни царь, что 16 февраля воевода Шеин подписал перемирие с Владиславом. Переговорщики от Шеина смогли выторговать условия почётные – все ратники могли сохранить при себе холодное оружие и пищали с зарядами, но оставить все пушки и пороховое зелье. Планы царя по возвращению Смоленска были надолго похоронены. Но король обставил перемирие унизительными условиями. Все ратники должны были дать под присягой клятву не предпринимать никаких военных действий в течение четырёх месяцев. А ещё выходящие из лагеря воины должны нести знамёна свёрнутыми, с погашенными фитилями на пищалях, без барабанного боя и преклонить знамёна перед Владиславом. Сам Шеин с воеводами, когда подъедут к королю, должны слезть с коней и низко ему поклониться. Шеину пришлось до дна испить горькую чашу унижения и позора.
Колонны русских выступили из лагеря 19 февраля. Армия была побеждена, но не сломлена. Из двух тысяч наёмников большая часть осталась в лагере и перешла на службу к королю. Шеин же вёл за собой 8056 оставшихся в живых воинов.
Царь узнал о перемирии в начале марта и послал навстречу Шеину Моисея Глебова узнать об условиях перемирия. Воеводу Шеина трудно было обвинить в трусости, он действовал, как всегда, честно и смело. Но ещё до возвращения войска Шеина в Москву царём были назначены бояре для допроса Шеина и других воевод. В состав дознавателей вошли князья Андрей Шуйский и Андрей Хилков, окольничий Василий Стрешнев и дьяки Тихон Бормосов и Дмитрий Прокофьев. На Шеина и Измайлова было заведено «судное дело». Воеводу обвинили в неумелости действий, а всё потому, что во время плена целовал крест на верность Сигизмунду III и по всем полякам радел. А главное – винили в потере «наряда». Суд был скорым и неправым. Уже 18 апреля царь Михаил с боярами слушали приговор. Воеводы Михаил Шеин, Артемий Измайлов и его сын Василий были приговорены к смертной казни, а все поместья их и дворы и вся рухлядь «взяты на государя». Казнены воеводы были через десять дней на Красной площади. Царский дьяк Дмитрий Прокофьев громогласно объявил народу о многих винах приговорённых. Многие ратные люди ответили на неправедный суд и приговор отъездом со службы. В народе и войске Шеина уважали наравне со Скопиным-Шуйским или Пожарским.