В январе 1454 года Геннадий был введен в сан патриарха греческой церкви под покровительством султана, взявшего на себя функции византийских императоров и выполнившего большую часть из их традиционного церемониала. Султан лично преподнес Геннадию атрибуты, отличающие его сан, – мантии, пасторские принадлежности и новый позолоченный нагрудный крест из серебра взамен исчезнувшего старого. Затем Мехмед благословил Геннадия словами: «Будь патриархом со счастливой судьбой и будь уверен в нашей дружбе, сохраняя все привилегии, которые имели все патриархи до тебя». Патриарх Геннадий получил полную власть над Восточно-Римской (Византийской) общиной и церемониальный ранг паши с тремя бунчуками, сохраняя свой собственный гражданский суд и свою собственную тюрьму в греческом квартале Фанар. Последующая церемония его посвящения в сан была проведена, поскольку церковь Святой Софии была превращена в мечеть, в церкви Святых Апостолов, защищенной специально по приказу Мехмеда от разрушения с целью использовать ее как церковь патриарха. После получения от султана щедрого дара в виде золота новый патриарх во главе процессии объехал город на великолепном белом коне, также подарке султана, а затем занял свою резиденцию в церкви Святых Апостолов.
Церковь Святых Апостолов была одной из нескольких христианских церквей, в которой даже после завоевания продолжались христианские богослужения, в то время как другие храмы были превращены в мечети. Между тем в качестве мечети церковь Святой Софии сохранила свое название: в исламской форме как большая мечеть Айя София, но крест, венчающий ее купол, был заменен полумесяцем – традиционной эмблемой турок, восходящей к их ранней истории, к которой позднее была присоединена звезда. Завоеватель с самого начала относился к храму Святой Софии, к которой он пристроил минарет, с почтением, сохранив ее фигурную мозаику наперекор запрету ислама на любое изображение человека в искусстве.
Таким лояльным отношением Мехмед хотел заставить нового патриарха смотреть на султана как на благодетеля и защитника греко-православной церкви. Полученная власть и престиж нынешнего патриарха были большими, чем у любого из его предшественников времен поздней Византии, придавая ему почти что статус «папы греческого» и вполне оправдывая лозунги, ходившие в то время, такие, как «Лучше турки, чем латиняне!». Мехмед установил с Геннадием тесные отношения, ведя с ним дружеские беседы на богословские темы, а также постоянно проявляя стремление пополнить знания, подчеркивая свой интерес к христианской религии. По просьбе султана Геннадий написал изложение истории православной веры, которое было переведено на турецкий язык.