Нотара между тем успел намекнуть султану на соучастие вместе с греками в получении взяток великого визиря Халилпаши, которого Мехмед действительно давно подозревал в вероломстве. Халил был немедленно арестован, лишен всех своих постов, а затем переведен в Адрианополь. Как говорят, здесь же однажды султан увидел лису, привязанную у дверей его дворца, и с иронией сказал животному: «Бедный глупый лис, почему ты не попросишь Халила предоставить тебе свободу». Халил, услышав об этом и опасаясь за свою судьбу, немедленно объявил о своем намерении совершить паломничество в Мекку. Но, успокоенный султаном, он остался. А вскоре после этого был обезглавлен. Мехмед таким образом оплатил старый долг, который мучил его со времен его детства, освободив себя от врага, к которому он столь долго испытывал ненависть.
Халил был четвертым по счету представителем рода Чандарлы, служившим при дворе султана в качестве великого визиря. Мехмед уволил других министров старого режима, которые служили еще его отцу. Впредь он окружал себя только теми советниками, которые были выходцами из растущего правящего класса вероотступников – христиан, обращенных в ислам, чьи карьеры непосредственно зависели от расположения султана и на кого он мог рассчитывать при выполнении любых его планов. Новым визирем Мехмеда стал его полководец Заганос-паша, албанец по происхождению.
Наиболее остро стоявшей задачей Завоевателя был возврат к нормальной жизни Стамбула, города, которому самой судьбой предназначалось стать крупнейшей столицей мира. В частности, эта задача включала репопуляцию города. Поскольку в условиях вынужденной изоляции значение города упало, его население сократилось до тридцати – пятидесяти тысяч обитателей. Многие районы города оказались безлюдными. Всем, кто покинул город, в большинстве своем православным христианам, было предложено вернуться с обещаниями защиты их собственности и религии, с обещаниями помощи со стороны правительства в перестройке их домов и лавок.
Около тридцати тысяч крестьян, захваченных во время военных кампаний, были доставлены для расселения на землях брошенных деревень вокруг Стамбула, чтобы снабжать город продовольствием. По распоряжению султана состоятельные люди, торговцы и ремесленники из числа жителей захваченных городов были переведены в Стамбул, чтобы помочь торговому и промышленному развитию. Они включали иммигрантов из Салоник с их большой еврейской общиной, немалое число евреев из Европы. В течение двадцати пяти лет евреи превратились в третью по численности, крупнейшую группу населения столицы после мусульман и христиан.