Во всех завоеванных городах были посажены губернаторы. Они обращались с правителями Ливана только как с номинальными вассалами, вели себя терпимо в отношении евреев и христиан, снизили тарифы и сборы для пилигримов, следующих в Иерусалим, поскольку Селим был более терпимым к христианам, чем мусульманским еретикам.
На границах Египта султан сделал остановку. В его руках теперь находился ортодоксальный аббасидский халиф Аль-Мутаваккил, сопровождавший армию потерпевшего поражение султана мамлюков. С халифом Селим обращался с почтением, сочетающимся с бдительностью. Он был готов к тому, чтобы оставить мамлюка губернатором в Каире, чтобы тот контролировал оплату Стамбулу дани.
Когда Туман-бей отказался сдаться и демонстративно провозгласил себя султаном мамлюков, Селим со своей армией пересек Синайскую пустыню. После успешной пробы сил он направил халифа с армией в Каир, обещая в отличие от его правителей доброжелательно обращаться с народом Египта и надеясь таким путем успокоить его страхи. На следующий день в честь Селима была прочитана пятничная молитва, означавшая конец режима мамлюков. После нескольких дней борьбы в Каире и окрестностях города Туман-бей был разбит в сражении вблизи пирамид и повешен на городских воротах, традиционно служивших в качестве виселицы.
Селим провел в Каире около шести месяцев, планируя его будущее в качестве государства-данника. Осенью 1517 года, оставив за себя генерал-губернатора, он стал готовиться к тому, чтобы вести армию обратно в Стамбул. Тем временем халиф был заранее выслан вперед, чтобы находиться при его дворе. Управление халифатом теперь должно было быть в целом передано турецким султанам. Более реальное значение имели перемещение в Стамбул знамени и плаща пророка, реликвий, обладание которыми символизировало статус султанов как защитников святых мест Мекки и Медины и путей следования пилигримов в Хиджасе, а, следовательно, и ислама в целом.
Двумя годами позже Селим скончался в муках от рака, в деревне по дороге в Константинополь. Крупный мужчина со свирепым выражением лица, неистовый по характеру, с огненными глазами и холерической комплекцией, Селим не обладал уважением к человеческой жизни. Рассказов о его импульсивной жестокости имеется множество. Одним из его наиболее ранних публичных деяний – так утверждали – было убийство ударом меча провинциального губернатора, который вслед за уступками, сделанными султаном янычарам, поторопился потребовать увеличить свой доход.
Селим всегда был в достаточной мере готов отдать приказание обслуживавшим его немым слугам убить на месте любого человека, осмелившегося возразить или как-либо еще не понравившегося ему.