Ртищев помогал иностранным пленникам, жившим в России, узникам, сидевшим в тюрьме за долги, тратил большие деньги на выкуп русских пленных у татар.
Жителям Арзамаса он подарил свою пригородную землю, которую горожане хотели, но не могли купить, хотя у Ртищева был частный покупатель, предлагавший 14 тысяч рублей.
В 1671 году, прослышав о голоде в Вологде, Ртищев отправил туда обоз с хлебом.
Перед смертью Федор Михайлович отпустил на волю всех своих дворовых людей, а дочери и зятю завещал за помин его души обращаться с крестьянами как можно лучше, потому что они «нам суть братья».
Трудно сказать, как относились служилые люди к рассуждениям Ртищева о крестьянах, но моральный авторитет его был громаден. И можно представить себе, как важно было для всего преобразовательного движения, для авторитета самой идеи европеизации Московии иметь на своей стороне Ртищева! А этот человек, имевший огромный духовный авторитет, всей душой находился на стороне преобразовательного движения.
С него, с Ртищева, начались первые попытки давать московитам какое-то религиозное образование. Именно Ртищев построил на Киевской дороге недалеко от Москвы, на берегу реки, Андреевский монастырь, куда привез из малороссийских монастырей тридцать ученых монахов, с тем чтобы они переводили книги и учили всех желающих грамматике славянской и греческой, риторике и философии.
По службе Федор Михайлович весь день должен был быть во дворце, но целые ночи просиживал с монахами, а это нравилось не всем. Известно, что ревнители «истинной веры» на Московской Руси считали еретиками не только католиков и униатов, но и всех православных, не подчиненных Московскому патриарху. К тому времени в православии существовало уже несколько автокефальных, то есть самостоятельных, независимых друг от друга Церквей (от греческих слов «автос» — самостоятельный и «кефалис» — голова; получается — «самоголовая» церковь). С такими древними «вселенскими» патриархиями, как константинопольская, антиохийская, александрийская и иерусалимская, считаться приходилось, но даже на них почило подозрение в ереси, латинстве и прочих ужасах.
В Московии обожествление царя, Московии как священной земли, этнографические особенности московитов типа ношения бороды или сна после обеда рассматривались как важные, сущностные признаки православия. Тот, кто жил в менее священных землях, не подчинялся московскому царю или (страшно подумать!) брил бороду, всерьез воспринимался как еретик и чуть ли не язычник.
Киевская митрополия подчинялась Константинопольскому патриарху, и уже поэтому малоросские монахи вызывали массу подозрений. Весной 1650 года группы московских служилых и монахов вместе с дьячком Благовещенского собора Косткой Ивановым сошлись у монаха Саула и шептали между собой, что вот «учится у киевлян Федор Ртищев греческой грамоте, а в той грамоте и еретичество есть», что «кто по-латыни научится, тот с правого пути совратится» и что «поехали в Киев учиться Перфилка Зеркальников да Иван Озеров, а грамоту проезжую Федор Ртищев промыслил; поехали они доучиваться у старцев киевлян по-латыни, и как выучатся и будут назад, то от них будут великие хлопоты; надобно их воротить назад; и так они всех укоряют и ни во что не ставят благочестивых протопопов».