Подготовка и снаряжение второй эскадры для флота Тихого океана велись на Балтике с апреля по сентябрь 1904 года. При этом постоянно возникали задержки, вызванные трудностями со снабжением, достройкой и ремонтом кораблей. Отсутствие у Российского генерального штаба, даже в черновом виде, плана ведения войны и связанного с ним плана мобилизации и развертывания вызвало низкую готовность тыловых портовых служб к обеспечению флота всем необходимым. Никаких предварительных запасов не делалось, так что для эскадры собиралось всё буквально с миру по нитке, с бору по сосенке.
Слабая оснащенность ремонтных мастерских в Кронштадте, Ревеле и Порте Александра III (Либава), а также недостаток материалов, к чему добавлялась ещё и недостаточная мощность казённых адмиралтейств Петербурга, вынудили руководство флота поручить практически весь ремонт Балтийскому заводу, который, в свою очередь, для сокращения сроков выполнения работ привлек к заказу несколько частных фирм. В общем и целом им удалось неплохо справиться с работой и, что самое важное, почти уложиться в отведенные сроки.
На судостроительных заводах Нового адмиралтейства и Галерного островка в авральном темпе успели достроить эскадренные броненосцы «Бородино» и «Орел», чьё строительство к тому времени уже сильно затянулось. Также были закончены все работы и на транспорте-мастерской «Камчатка». Из-за ускоренных темпов достройки новейших кораблей на последнем этапе качество работ часто было не на должном уровне, но времени на исправление брака уже не оставалось, и в большинстве случаев корабли принимались в казну даже без проведения полноценных испытаний. При этом планировалось провести все необходимые исправления и доводки в период освоения кораблей экипажами, для чего к каждому броненосцу приписывался свой корабельный инженер-судостроитель, участвовавший в его достройке. Кроме того, инженера получил и «Сисой Великий». Общее руководство всеми этими работами возлагалось на старшего инженера-строителя Е. С. Политовского. Доводка кораблей в процессе начала их службы, в свою очередь, до крайности осложняла и задерживала прохождение курса боевой подготовки.
Существенно тормозили снабжение и бюрократические проволочки, что, в конце концов, вынудило отвечавшего за снаряжение эскадры главного командира Балтийского флота вице-адмирала А. А. Бирилёва распорядительным порядком отменить многие ограничения, связывавшие строителей, что существенно ускорило дело.
Снижение уровня требований при приемке выполненных работ и отмена либо радикальное сокращение некоторых испытаний сильно сказывались на боеготовности сданных флоту кораблей. Начальник ГМШ Зиновий Петрович Рожественский, непосредственно занимавшийся этим и назначенный командовать формирующимся соединением, слишком много времени уделял канцелярской работе, решая, в общем-то, не свойственные начальнику столь высокого ранга вопросы. Его положение позволяло не обращать внимания на требование МТК до начала похода провести опытное определение остойчивости новых броненосцев. Также были проигнорированы рекомендации к выработке мер по их разгрузке, ввиду допущенной заводами большой строительной перегрузки кораблей. Из соображений экономии времени мало-мальски проверялись лишь главные механизмы новых кораблей, а проверку и доводку всего остального предстояло провести уже вдали от родных берегов. Поэтому на каждый броненосец принималось неимоверное количество запчастей, материалов и прочего лишнего оборудования, вес которого на некоторых кораблях перевалил за 1000 тонн.