В целях борьбы с повстанцами дубань по-прежнему активно использовал русских эмигрантов, бывших военнослужащих. Командиром дивизии вместо расстрелянного полковника Паппенгута был назначен более лояльный Николай Бектеев, произведенный в чин генерал-майора. В конвойном подразделении губернатора служило 330 бывших белогвардейцев, разделенных на подразделения пехотинцев, кавалеристов и артиллеристов. Командир русского конвоя полковник Николай Антонов был произведен в чин генерал-майора.
И хотя в последующие годы эмигранты-военнослужащие и советские солдаты, направляемые в Синьцзян, часто взаимодействовали в борьбе с мятежниками, защищая Шэн Шицая, но, вместе с тем, они попадали и под репрессии, организуемые здесь имевшими сильные позиции сотрудниками НКВД. Так, в 1938 году был арестован и расстрелян упомянутый выше генерал Антонов, а вместе с ним было казнено более 40 бывших белых офицеров, которых НКВД обвинило в сговоре с японцами, немцами и англичанами и попытке создания в Синьцзяне антисоветского государства. Уничтожение этих опытных командиров и расформирование названного подразделения заметно ослабили синьцзянскую армию>{984}. Впрочем, сотрудники органов НКВД активно проводили в это время репрессии и против советских сотрудников, в том числе секретных служб и дипломатов, работавших в Синьцзяне.
Приказом наркома Ежова от 25 февраля 1937 года в составе Главного управления пограничной и внутренней охраны НКВД был сформирован 1-й отдел для ведения разведывательной работы в Синьцзяне, а также в ряде других китайских провинций, в Монголии и Туве. Он проработал два года. В декабре 1939 года в 5-м отделе ГУГБ НКВД было создано специальное 12-е отделение, занимавшееся Китаем и Синьцзянем. Легальным резидентом военной разведки и военным советником в Синьцзяне с лета 1936 до весны 1938 года был комбриг Г.М. Цатуров, работавший под именем Г. Шанина. В мае 1938 года он был арестован, но через год освобожден за недоказанностью вины и вслед за этим уволен из РККА по состоянию здоровья. В мае 1939 году 9-й (монголо-синьцзянский) отдел Разведупра Генштаба РККА был реорганизован в Отдел специальных заданий 5-го Управления РККА.
В 1937 — начале 1938 года две войсковые группировки Красной Армии и части НКВД, действуя под видом «киргизов», вновь разгромили на территории Синьцзяна повстанческое вооруженное движение, оппозиционное Шэн Шицаю. В рапорте начальника Главного управления пограничной и внутренней охраны НКВД Н. Кручинкина наркому сообщалось, что уничтожено также 96 японских, 318 английских и несколько шведских агентов