Революция нарушила размеренное течение их жизни. После провозглашения республики и казни короля Жан Бейль решил эмигрировать, чувствуя угрозу со стороны тех, кого он называл «одержимыми», поскольку был воспитан Кутоном, которого знал с детства, ибо мать Жана жила с ним по соседству в деревне Орсе. Чтобы защитить семью, он отправил жену с тремя детьми на ферму в Бурбонне, где никто не стал бы их искать, сам же пересек границу и обосновался в Пьемонте.
В течение двух лет Франсуа вел жизнь селянина, заботясь о дойных коровах и катаясь верхом на имевшейся в хозяйстве лошади. Слухи о «Великом терроре» затихли, не успев начаться, хотя в Мулене участились аресты. Франсуа был спокоен, зная, что отец его в безопасности, хотя и не имел возможности получать от него известия, пока не грянул Термидор, воспринятый всей страной с облегчением.
Пятнадцатилетний Франсуа тотчас решил продолжить военную карьеру. Армия стала республиканской и служила теперь нации, однако военные учебные заведения сохранили организацию, существовавшую при старом режиме. Бейлю удалось поступить в кавалерийскую школу и окончить ее в чине младшего лейтенанта в 1798 году.
Он был свидетелем восхождения Наполеона на вершину власти, от консула до императора. Он мечтал о том, чтобы служить ему. Храбрость, проявленная во время кампаний, в которых ему посчастливилось не получить ранений, способствовала быстрому продвижению Франсуа по службе: в 1810 году, в возрасте тридцати одного года, он стал полковником 3-го гвардейского конно-егерского полка, чей мундир носил сам император.
В русской кампании он прошел вместе с армией весь долгий путь, однако разделил судьбу гвардии и ни разу не участвовал в сражении. Он посвятил себя поискам крова и фуража, уходу за лошадьми в неблагоприятных для них окружающих условиях.
В ходе московской битвы его полк стоял на участке, откуда он ничего не видел, только слышал ужасающую канонаду. В два часа пополудни он получил приказ выдвигаться вперед. Егеря сели по коням, Бейль в сопровождении двух подполковников поскакал впереди полка. Оказавшись на возвышенности, он увидел небывалое зрелище. На покрытом зеленой растительностью небольшом пространстве кипел ожесточенный бой. Император сосредоточил основные силы по центру, напротив укрепленного редута русских. Сам он расположился на невысоком пригорке метрах в трехстах от Бейля, откуда наблюдал за сражением в подзорную трубу. В окружении императора Бейль разглядел двух маршалов, Бертье и Нея, и денщика, который подавал императору питье. Непрестанно сновавшие туда-сюда гонцы доставляли генералам письменные приказы Наполеона.