Экземплярский считал, что к религиозной свободе должна привести реализация раннего христианского опыта, раскрепощая верующих и тем самым укрепляя их внутренне. Он выступал против смертной казни, ведя полемику с могущественными казенными богословами, оправдывающими ее. Он считал, что исторические условия, когда государство использует Церковь, заставили христиан приспособить заповеди своего Учителя к требованиям мира, приводя их к отступничеству от принципов веры. Церковь вынужденно благословляет войны, несправедливости, смиряясь с ними как с неизбежным злом. Но древние учителя благочестия считали иначе, следуя призывам Христа и разрывая с обычаями языческой римской государственности.
Экземплярский считал необходимой не только критику социалистического учения, но и умение видеть в его этической проблематике связь с первоначальным христианством (избавление от гнета внешней несправедливости).
«Социальный вопрос! как много заключено для нашего времени в одном этом слове, — писал Экземплярский, — сколько людей убеждено, что наша эпоха тем и замечательная, что на первый план жизнь выдвинула социальный вопрос». Отчего же толпы людей поверили в этот обман? — спрашивал профессор и отвечал: потому что вокруг себя они не видели примеров христианского поведения. Не видели, как христиане делом решают «больные вопросы» действительности. А если видели, то слишком неброские, робкие, слабые попытки, слишком ограниченные местом, временем, узкими возможностями делателей. Евангелие способно обновить все внутренние цели человека и ведет его не к справедливому механическому общежитию, а к любящему братству «отдельных совершенных личностей христиан». Только в таком единении человек может обрести успокоение сердца. Христианство принесло свободу и «христианская древность, в лице великих учителей Церкви, неопровержимо свидетельствует, что идея братства людей и на земле исповедовалась всею Церковью как радостное достояние христианского сознания». О братстве в Церкви мечтал профессор и призывал для этого начинать прямо сейчас с обновления прихода, с привлечения мирян к живому участию в приходской жизни, с преодоления отчуждения от Церкви ее последователей[5].
С тревогой отмечал Экземплярский искаженное развитие отечественной богословской мысли. Нравственное богословие заражено превратным духом. Излагая христианскую доктрину, оно не стремится отразить само идеальное учение. В первую очередь нынешние православные моралисты ставят себе задачу «оправдать всеми возможными соображениями разума и всеми возможными текстами Слова Божия…