Развитие революции и разгул бандитизма подтолкнуло ультраконсервативные, охранительные силы к ответным мерам. Возникла контрреволюционная карательная Армия Спасения. В ответ ПБСР объявила призыв в Войско Освобождения. Началась гражданская война.
Она длилась всего год, но оказала чрезвычайно сильное влияние на экономическое развитие Архипелагов. Расчеты на бескровную победу оказались несостоятельными. И на островах, контролируемых ПБСР, и на территориях, находившихся под властью либеральной контрреволюции царил хаос. Он усугублялся слухами о готовящейся агрессии с материка и официальными декларациями о вражеских шпионах и вредителях, не дающих возможности восстановить порядок. Повсюду установилась атмосфера всеобщей подозрительности, страха и доносительства. Обе враждующих стороны судили подозреваемых в измене судом скорым и неправым, вывозили в море и со связанными руками сбрасывали за борт.
Размах боевых действий, потребность Войска Освобождения и Армии Спасения в военном снаряжении превзошли любые прогнозы. Для удовлетворения нужд фронта обеим сторонам в этих условиях требовалось мобилизовать весь экономический потенциал своих островов, перевести все народное хозяйство на военные рельсы и добиться бесперебойного снабжения армий. А сделать это было невероятно трудно. Торговли с материком, естественно, не было, воюющие стороны растратили небогатые резервы продовольствия, голодный мор и эпидемии выкосили до десяти миллионов человек.
ПБСР оказалась в гораздо худшем положении, чем ее контрреволюционные противники, поскольку под ее контролем оказались в основном не промышленные, а аграрные острова. Войско Освобождения ощутило нехватку вооружения уже в первые месяцы войны. Мобилизационный запас снарядов израсходовали за 2 недели, а для его восстановления (при существовавших темпах производства) требовался год. Фронты получили лишь треть необходимого количества снарядов и винтовок, флоту дали 80 % требуемого угля. Надежды решить проблему снабжения Войска, опираясь на энтузиазм и поддержку населения, не оправдались. Руководство ПБСР издало декреты о национализации промышленности, транспорта, оптовой торговли и финансов. Сопротивление прежних собственников безжалостно подавили, а противников сослали на экваториальный остров Казхук.
В целом меры ПБСР по переводу народного хозяйства на военные рельсы дали ощутимые результаты. Производство вооружений росло очень высокими темпами. Снабжение фронта существенно улучшилось. Но положение революционных сил оставалось тяжелым. Преимущество Армии Спасения в артиллерии, особенно тяжелой, сохранялось, что оборачивалось для Войска Освобождения большими потерями в живой силе. Так, на тысячу человек Армия Спасения потеряла в войну 260, а Войско Освобождения — 485 человек.