Вскоре, однако, между участниками лиги обострились противоречия. Усилилась давняя вражда Венеции и Милана из-за крепостей Ломбардии, и Светлейшая начала искать поддержки своих притязаний у Франции. На содействие последней надеялись также Флоренция, спорившая с папой из-за влияния в Тоскане, и папа Александр VI Борджа, который в свою очередь рассчитывал с помощью французов создать для своего сына Чезаре Борджа государство в Романье. Такая расстановка сил в Италии подтолкнула французского короля Людовика XII, не отказавшегося от надежд вернуть Неаполь и создать в Ломбардии оплот для успешного продвижения на юг, начать осенью 1499 г. войну с Миланом. Успех французов был обеспечен не столько их военным преимуществом — у миланского герцога Лодовико Моро было отличное войско, — сколько предательством начальников крепостей и поддержкой, оказанной завоевателям со стороны населения, недовольного деспотическим правлением герцога. Овладев к концу года Ломбардией, король Людовик XII включил ее в состав своих владений. Он отбил попытку Лодовико Моро вернуть Милан в феврале 1500 г. (герцог был взят в плен и окончил жизнь в одном из французских замков), а в ноябре того же года заключил договор с Испанией о разделе Неаполитанского королевства. Жители Неаполя, Капуи, других отошедших к Франции городов сохранили верность своему королю и оказали решительное сопротивление французам. Однако последним удалось к весне 1502 г. овладеть королевством, не получившим никакой поддержки от других итальянских государств. В последующие годы Франция и Испания, несмотря на договор 1500 г., вели войну за владение отдельными территориями Неаполитанского королевства, вовлекая в нее итальянских правителей.
Итак, к началу XVI в. два крупнейших итальянских государства — Миланское герцогство на севере и Неаполитанское королевство на юге — были разгромлены. В этой тяжелой для страны ситуации итальянские правители, пытаясь добиться собственных выгод и равновесия сил на полуострове, меняли союзников, переходили из лагеря в лагерь. Наиболее активными в этой политике были Венеция и Папское государство, враждовавшие между собой из-за влияния в Романье: Венеция воспользовалась падением власти Чезаре Борджа для усиления своих позиций. Экспансия Венеции, которая расширила свои владения не только в этой области, но и в Ломбардии и на юге полуострова в Апулии, сплотила против нее многие итальянские государства. В 1504 г. папа Юлий II создал антивенецианскую лигу — в 1508 г. она оформилась как Камбрейская лига, — в которую вошли также Франция, Испания и германский император. Война Камбрейской лиги с Венецией в 1509 г. обернулась для последней тяжелым поражением, несмотря на героизм венецианцев, проявленный в битве при Аньяделло. Светлейшая утратила многие города в Северной Италии — они были захвачены французами — и отказалась от своих владений в Романье и Южной Италии. За этими событиями последовала новая перегруппировка сил. Главной угрозой для итальянских государств опять стали французские войска, удерживавшие Ломбардию вместе с имперскими отрядами. Для борьбы с ними под лозунгом «изгнание варваров» папа Юлий II создал в 1511 г. «Святейшую лигу», объединившую ряд североитальянских государств и Испанию, чье войско стало главной военной силой лиги. В решающем сражении под Равенной в апреле 1512 г. «Святейшая лига» потерпела поражение, но французы не сумели закрепить победу: после перехода их союзника — германского императора на сторону лиги они были вынуждены оставить Милан и крепости в Ломбардии. Пострадала и сохранявшая нейтралитет Флоренция: папа разрешил испано-швейцарским отрядам взять с нее контрибуцию и разграбить город. Чтобы избежать погрома, правительство Флорентийской республики решило в марте 1513 г. сдать город и уплатить контрибуцию, а также приняло требование папы вернуть к власти во Флоренции Медичи, которые были изгнаны из города в 1494 г.