24 марта была разбита крестьянская армия под Уфой. Ее руководитель Чика-Зарубин бежал в Табынск, но был изменнически схвачен и выдан.
В Каргалинской слободе был схвачен Хлопуша и 23 марта доставлен в Оренбург.
1 апреля 1774 года остатки крестьянской армии потерпели поражение под Каргалой и Сакмарским городком. Вождь восстания Е. Пугачев ушел с небольшим отрядом в Башкирию.
В сражении под Сакмарским городком попали в плен видные руководители восстания: Иван Почиталин, Андрей Витошнов, Максим Горшков, Тимофей Подуров и другие.
16 апреля правительственные войска вошли в Яицкий казачий городок. Отряд яицких и илецких казаков в количестве 300 человек под командой атаманов Овчинникова и Перфильева прорвался через Самарскую линию и ушел в Башкирию на соединение с Пугачевым.
Менее счастливо окончилась попытка оренбургских и ставропольских калмыков прорваться в Башкирию — лишь незначительная часть их могла уйти туда. Остальные ушли в засамарские степи. 23 мая они были разбиты правительственными войсками. Предводитель калмыков Дербетов умер от ран.
Событиями начала апреля 1774 года кончается в основном оренбургский период крестьянской войны под руководством Е. Пугачева.
В мае 1774 года в Оренбурге был казнен командир полка «работных людей» уральских заводов Афанасий Хлопуша. Ему, по свидетельству современника, «голову отрубили, и тут же близко возле эшафота голову на шпиль воткнули на виселице посреди, которая нынешнего года мая и в последних числах снята».
11 июля 1774 года при штурме крестьянскими войсками Казани в тюрьме был заколот караульным офицером бугурусланский повстанческий атаман Гаврила Давыдов, доставленный туда после его поимки.
Жестокая расправа происходила с рядовыми участниками восстания. Масса пленных была брошена в тюрьму. В Оренбурге в начале апреля 1774 года содержалось до 4000 человек. Тюрьма, Гостиный двор — все было переполнено. Арестанты содержались даже в «питейных домах». Для следствия в Оренбург были направлены члены секретной следственной комиссии капитаны Маврин и Лунин. Особенно зверская расправа производилась на правобережье Волги. Весь руководящий состав восстания — атаманы, полковники, сотники — казнились смертной казнью, рядовых участников восстания секли плетьми и «урезали по несколько у одного уха» и из 300 человек, по жребию, «казнили одного смертью».
С целью устрашения населения казни совершались публично на общественных местах, плоты с повешенными спускались по Волге. Во всех тех местах, где происходили активные выступления, были сооружены «виселицы», «глаголи» и «колесы». Сооружены они были и в пределах современной Оренбургской области в большинстве населенных пунктов того времени.