В 1922 году, будучи ещё студенткой, Е. М. Попова начала работать по селекции капусты под руководством профессора С. И. Жегалова на Грибовской овощной селекционной опытной станции. В марте 1940 года она была назначена зав. сектором селекции капусты.
Работа Е. М. Поповой по селекции и семеноводству капусты очень высоко оценивалась на ведомственном и правительственном уровне СССР. Так, в 1939 г. она была награждена Малой Серебряной медалью ВСХВ; в 1942 году Наркоматом земледелия СССР награждена значком "Отличник социалистического сельского хозяйства", а в послевоенный период (1954 год) была награждена Большой Золотой медалью ВСХВ. За работу по улучшению старых и выведению новых сортов капусты Е. М. Поповой Постановлением СНК СССР от 26 января 1946 года была присуждена Сталинская премия второй степени и звание лауреата Сталинской премии. В последующие годы за свою эффективную трудовую деятельность Е. М. Попова была награждена орденом "Знак Почета" и медалями "За доблестный труд в Великой Отечественной войне 1941–1945 годы" и "В память 800-летия Москвы".
Основной задачей овощеводства является длительное и бесперебойное снабжение населения свежими овощами, в том числе и свежей капустой, для чего необходим, в первую очередь, удачный подбор сортов от скороспелых и среднеспелых ― до самых поздних, в том числе лежких сортов, специально для хранения в течение всей зимы (и даже до весны) в свежем виде. Поэтому Е. М. Попова первейшей селекционной задачей поставила обеспечение овощного производства возможно более полным набором сортов капусты, различных по скороспелости и лежкости. Наряду с этим необходимо было оценивать и качество продукции. За 14 лет работы (с 1922 по 1935 гг.) Е. М. Поповой было сделано следующее:
• Заново разработана методика селекционной оценки признаков кочанной капусты (ранее никем не разработанная и не опубликованная в России). За этот же период были разработаны в основном и методы расценки признаков у цветной и брюссельской капусты.
• Разработана методика сортоулучшительного отбора. С 1931 года начата селекция капусты методами гибридизации. Выявлены комбинации скрещиваний, дающие в Fj значительный гетерозис, и предложены способы массового получения гибридных семян для использования гетерозиса в производстве.
• Глобальным же достижением за этот период Е. М. Поповой является создание непосредственно под её руководством и с её участием 16 сортов различных разновидностей капусты, которые уже в тот период размножались семеноводческими хозяйствами системы "Сортсемовощ" из семян элиты, выращенной на Грибовской овощной селекционной станции.