Спустя шесть дней, 7 августа, Мануэль дебютировал в воротах «Баварии» в Бундеслиге. К началу сезона-2011/12 руководство клуба атаковало также чемпиона, «Боруссию Дортмунд», и, помимо Нойера, захватило в свою команду Жерома Боатенга. Оба новых игрока вышли на поле в первом туре против «Боруссии» (Мёнхенгладбах) и стали причастными к победному голу, забитому командой соперника. На 62-й минуте Брауверс навесил к линии штрафной «Баварии». Боатенг остался на месте, Нойер вышел слишком поздно, так что де Камарго смог спокойно пробить по пустым воротам. Мануэль признавался: «Это была моя ошибка. Непростая ситуация, мяч был очень трудный». Он сказал, что начал игру «слишком энергично, хотел сделать всё как надо».
Стадион и после этого промаха хранил молчание, но на странице Нойера в «Фейсбуке» бесновалась толпа – как фанаты «Баварии», так и «шалькеры». «Ханс-Йорг Бутт был настоящим первым номером!» – это была ещё самая безобидная запись. В других Нойера называли «задницей» и «сукиным сыном». «Лучше бы ты остался в этом дерьмовом «Шальке». Гельзенкирхен насмехался: «Иуда опять всё профукал, хахаха, ну что за лузер».
Герой дня, 19-летний Марк-Андре тер Стеген, стоял в воротах напротив. Это была не последняя дуэль с тер Стегеном, которую Мануэль проиграл. И это была не последняя ошибка, которую он совершил во время своего первого сезона в Мюнхене.
Но начало карьеры в Мюнхене далось Нойеру нелегко не только из-за условий ультрас. Он играл перед публикой, для которой примером хорошего вратаря долгие годы служил Оливер Кан. Мануэль, по крайней мере частично, представлял собой противоположность «титана», к которой публика должна была привыкнуть.
Кроме того, в «Баварии» ему пришлось столкнуться немного с другим футболом, чем в «Шальке». Что касается классических задач вратаря, тут у Нойера работы стало меньше, чем в предыдущем клубе, однако, когда она появлялась, всё внимание фокусировалось на голкипере. Собственная команда, как правило, вела игру, небольшие шансы у соперника появлялись в основном во время контратак. А они, вероятно, самое трудное испытание для вратаря, потому что с их помощью в считаные секунды ситуация может перевернуться с ног на голову. Голкипер должен охватить взглядом игровое поле целиком, он должен правильно оценивать поведение игроков из своей команды и принимать правильные решения. В конце концов, о поведении вратаря можно говорить часами. Нужно ли ему было раньше выбежать? Лучше было раньше вернуться в ворота? Было бы всё по-другому, если бы он остался на линии? Нужно ли было больше наклониться влево или вправо?