Так что Гвардиоле срочно требовалась удача. Тем, что она пришла к нему в финале Суперкубка УЕФА в Праге, он был обязан преимущественно своему голкиперу. Соперником «Баварии» был «Челси», который тренировал главный антагонист Гвардиолы, Жозе Моуринью. Благодаря Фернандо Торресу англичане на 8-й минуте вырвались вперёд. Вскоре после перерыва Франку Рибери удалось счет сравнять. На 64-й минуте Оскар из-за ошибки Данте в одиночестве получил мяч перед Нойером. Вратарь ещё лежал на земле, но умудрился вытянуться так, чтобы суметь отбить мяч. На 85-й минуте Нойер снова спас свою команду невероятным броском за мячом. На этот раз ударом головой его подверг испытанию Давид Луиз. После 90 минут основного времени счёт остался равным. На 93-й минуте Эден Азар вывел «Челси» вперед, но за секунды до финального свистка Хави Мартинес забил, и мюнхенцы вновь догнали соперника. В последовавшей серии пенальти баварцы одержали победу, так как Мануэль Нойер прекрасно парировал последний удар «Челси», который исполнил бельгиец Ромелу Лукаку.
И снова лишь 18 пропущенных мячей
В Бундеслиге «Бавария» набирала обороты всё сильнее. В борьбе за титул всё решалось 25 марта 2014 года, так как победа, одержанная в 27-м туре «Баварией» над берлинской «Гертой» со счётом 3:1, заранее возвещала о чемпионстве. Тем самым рекорд прошлого года был побит: с начала существования Бундеслиги ещё ни одна команда так рано не становилась победителем. И за 51 год истории Бундеслиги ни одна команда не выступала настолько уверенно, как «Бавария» в сезоне-2013/14.
В 27 матчах Мануэль Нойер пропустил всего 13 мячей, но и сам отдал уже гораздо больше передач, чем в предыдущем сезоне. Нойер говорил: «Так как под руководством Гвардиолы наша защита стала ещё сильнее, я много участвую в игре. Я как единственный либеро должен запускать серию передач и выстраивать игру. Конечно же, я знаю, что мои коллеги во время игры пытаются меня найти. Но они же не могут слепо отдавать мяч назад, потому что они не знают, где я в этот момент нахожусь. Раньше они могли так делать. Тогда вратарь стоял не дальше линии штрафной площади. Сегодня мне часто приходится кричать, чтобы они могли сориентироваться, где я нахожусь».
5 апреля 2014 года, в 29-м туре сезона-2013/14, досрочно завоевавшая чемпионство «Бавария» отправилась на выездной матч с «Аугсбургом». В 17:22 Мануэль Нойер и остальные впервые с 28 октября 2012 года, то есть за 524 дня и 53 матча в лиге, вновь потерпели поражение, андердог одержал верх – 1:0. 33 игры на чужом поле команда оставалась непобедимой. Впервые за 65 матчей Бундеслиги баварцы ушли с поля, ни разу не забив. Гвардиола не взял с собой из Мюнхена ни Лама, ни Рибери, ни Роббена. Данте, Рафинья, Боатенг, Алаба, то есть вся цепочка защитников, выступавшая в Лиге чемпионов, а также Гётце и Мюллер в начале матча сидят на скамье запасных. К концу сезона старый-новый чемпион решил ослабить хватку. В результате «Баварии» не удалось улучшить свой результат по числу пропущенных мячей. В сезоне-2012/13 их было 18, на этот раз – 23. Результаты Нойера остались теми же, что и в прошлом году. Он так же вышел на поле в 31 матче. А точнее, в 30,5, потому что в 30-м туре чемпионата в домашнем матче против дортмундской «Боруссии» он на 45-й минуте покинул поле из-за травмы. На тот момент «Боруссия» вела 1:0. Вместо Нойера в ворота встал 20-летний Лукас Рэдер, который играл в молодёжной команде «Шальке» под руководством Норберта Эльгерта и тренера вратарей Лотара Матущака, и в этом матче пропустил ещё дважды. (После этого сезона Рэдер перейдёт в португальский клуб «Витория».) А в 29-м туре в выездном матче против «Хоффенхайма» в воротах будет стоять Том Штарке (3:3).