«Баварская прачка»
Когда с чемпионским титулом всё стало ясно, основные силы были направлены на защиту титула победителя Лиги чемпионов. В 1/8 финала «Баварии» – как уже было в прошлом году – пришлось столкнуться с лондонским «Арсеналом». «Канониры» и в этот раз проиграли чемпиону Германии на своём поле. Однако победа 2:0, одержанная благодаря Кроосу (на 54-й минуте) и Мюллеру (на 88-й), лишь спустя восемь минут после начала матча могла обернуться счетом 2:0 в пользу хозяев. На седьмой минуте Нойер блестяще перехватил хлесткий удар Яя Саного. И уже через несколько минут вступил в дуэль со своим бывшим одноклубником и земляком из Гельзенкирхена Месутом Озилом, после того как его в штрафной площади свалил Боатенг. Пострадавший сам взялся бить пенальти, но не смог переиграть Нойера. «Конечно, я хорошо знаю Месута. С ним нужно долго ждать и поздно реагировать». Журнал Focus присудил Мануэлю звание «прачки» «Баварии»: «Он удаляет пятна с баварской защиты, а потом ещё и сглаживает промахи». В ответном матче «Баварии» хватило ничьей 1:1, чтобы пройти дальше.
В четвертьфинале команду ждал опасный соперник – «Манчестер Юнайтед». На стадионе «Олд Траффорд» команды разошлись миром (1:1). «Юнайтед» получил отличную возможность открыть счёт ещё в первом тайме: Уэйн Руни на бегу принял мяч от Дэнни Уэлбека. Вступивший с ним в единоборство Жером Боатенг упал навзничь, и форварду «красных дьяволов» путь к воротам был открыт. Где-то за 13 метров до них он попытался перекинуть Нойера, который, выйдя из ворот, находился лишь в трёх метрах от него. Но баварский голкипер, во-первых, занял правильную позицию, а во-вторых, заранее просчитал передачу Уэлбека. Ему удалось отбить мяч правой рукой и затем зафиксировать его. В ответном матче «Бавария» сначала оказалась не в лучшей ситуации, но в итоге выиграла 3:1.
Чёрный день на «Альянц Арене»
И снова в финал вышел клуб из Испании. Как и два года назад, этой командой стал мадридский «Реал». На стадионе «Сантьяго Бернабеу» баварцам довелось узнать, что соперник не собирался играть на своей половине поля, в основном защищаясь, и отыгрываться на контратаках. А в составе «Баварии» нет Рибери, который обычно ускорял атаки мюнхенцев. На другой стороне поля Роббен постоянно натыкался на двух игроков из команды соперника, потому что баварцы слишком медленно меняли позицию. «Реал» выиграл 1:0, в том числе благодаря тому, что на 84-й минуте Гётце упустил шанс сравнять счёт.
Во время ответного матча на «Альянц Арене» Гвардиола пытался пробить защиту «Реала», выпустив на поле четырёх нападающих (Рибери, Мюллера, Манджукича, Роббена) и, соответственно, лишь двух полузащитников. Если бы на этой позиции стояли Алькантара и Лам, то его затея, возможно, удалась бы, но Тьяго ещё не вернулся в строй, а Лам был нужен на позиции правого центрального защитника. С Кроосом и Швайнштайгером в центре поля в случае потери мяча у «Баварии» не было шансов. Немецкая команда играла без опорного полузащитника, по так называемой системе 4-0-2-4, при которой Швайнштайгер и Кроос часто владели мячом. Так как и находящийся в защите с левой стороны Алаба также пытался играть в отборе, а Мюллер ориентировался на штрафную площадь соперника, защита во время контратак оставалась обнажённой. Оставшимся защитникам приходилось вступать в единоборства «один в один», которые они проигрывали. В нападении не хватало футболистов, которые могли бы играть против команды уровня «Реала» в гвардиоловском стиле «тики-така»