Домашний чемпионат мира 2006 года, известный также как «летняя сказка», Нойер смотрел на организованном для фанатов публичном показе на стадионе «Глюкауф-Кампфбан». Кульминационным моментом турнира стал матч 1/8 финала против Аргентины, в котором Йенс Леманн получил прозвище «убийца одиннадцатиметровых» и был признан «игроком матча». Позже Нойер рассказал об этом событии в интервью газете «Мюнхенер Абендблатт»: «Старый стадион «Шальке» был заполнен до краёв – собралось около 30 000 фанатов. Там, где раньше лежал газон, теперь был лишь щебень. Мы с моими друзьями жутко радовались предстоящему матчу, а я в первую очередь сконцентрировался на вратарской игре, ведь Леманн был в центре внимания. Йенс всегда был моим кумиром, потому что он играл в «Шальке» и олицетворял современный стиль игры голкипера. Ещё в юности я всегда старался ориентироваться на него. Для такого фаната эта игра была сенсационной».
Два дебюта
В сезоне-2006/07 юный талант получил предложение от «Кёльна», только что выбывшего во вторую Бундеслигу. Во время зимнего перерыва в клуб как раз пришло новое руководство во главе со швейцарским тренером Ханспетером Латуром и бывшим менеджером дортмундской «Боруссии» Михаэлем Майером. И хотя второй круг начался для «Кёльна» немного успешнее, этого могло быть недостаточно для того, чтобы удержаться и не опуститься еще ниже.
Чтобы поднять команду на прежний уровень, Латур хотел подписать Мануэля Нойера: «Когда наши результаты ухудшились, мы искали вратаря, и я узнал, что в «Шальке» есть очень талантливый третий номер, которому не нравится быть позади Роста и Хаймерота. Я посмотрел две-три игры дубля «горняков» и сказал себе: да, это будет наш новый вратарь. Михаэль Майер все устроил, мы встретились с Нойером и его помощником в Кёльне и быстро пришли к согласию. Мануэль переходит в наш клуб! Но потом Хаймерот внезапно перешёл в «Боруссию» из Мёнхенгладбаха. Лишь поэтому Нойер остался в «Шальке».
Если это правда, то уход Хаймерота был несомненным везением для Мануэля. Маловероятно, что Нойер, играя во второй Бундеслиге за «козлов», смог бы попасть в поле зрения общественности так же легко, как при выступлении за «горняков». К тому же «Кёльну» так и не удалось вернуться на прежний уровень. В ноябре 2006 года Латура уволили, и на его место пришел Кристоф Даум.
В «Шальке» тренера сменили прямо перед зимней паузой сезона-2005/06. Фанаты обрадовались уходу Ральфа Рангника, но 4 января 2006 года, к их недовольству, на место главного тренера пришел его прежний ассистент, Мирко Сломка. Когда «Шальке» представил список игроков на сезон-2007/08, Нойер оказался в нем на позицию выше, но на первом месте всё ещё оставался Франк Рост. Мануэль получил майку с номером 12. Третьим вратарём стал 19-летний Деннис Ламчик.