Лишь 21 сентября 2008 года Нойер снова встал в ворота, чтобы восстановить прежнюю форму, он для начала играет в региональной лиге. Вторые команды «Шальке» и «Боруссии» (Мёнхенгладбах) разошлись миром (1:1). В основную команду Нойер вернулся 2 октября, когда «Шальке» принимал у себя кипрский клуб «АПОЭЛ». Ничьей (1:1) могло быть недостаточно для попадания в групповой этап Лиги Европы. Но так как команда всё же выиграла на Кипре 4:1 – в воротах «Шальке» против киприотов стоял почти 20-летний Ральф Ферманн, – команда прошла эту стадию успешно.
Через три дня Нойер вернулся и в Бундеслигу. В седьмом туре чемпионата «Шальке» на своём поле завоевал лишь одно очко в игре против будущего чемпиона, «Вольфсбурга» (2:2). Само собой разумеется, Мануэль Нойер продолжил стоять в воротах до конца сезона, за исключением матча второго круга в Вольфсбурге, который «Шальке» проиграл 3:4. Несмотря на перелом стопы, в чемпионате Германии Нойер вышел на поле 27 раз.
Но число спортивных разочарований «Шальке» только увеличивалось. Групповой этап Лиги Европы команда завершила на последнем месте. В кубке Германии всё закончилось четвертьфиналом. В Бундеслиге «горняки» околачивались где-то в середине турнирной таблицы. После поражения на своём поле от «Гамбурга» (1:2) с поста тренера сняли Фреда Рюттена. Директор клуба Андреас Мюллер должен был ещё за три недели до этого собрать свои вещи – из-за отсутствия стратегии и неудачных сделок. Вместо уволенного Рюттена руководство на себя снова взял дуэт Михаэля Бюскенса и Юри Мюлдера, им помогает Оливер Рек. По окончании чемпионата «сине-белые» заняли разочаровывающее восьмое место в турнирной таблице.
Игрок национальной сборной и чемпион Европы U-21
Для Мануэля Нойера сезон не закончился 34-й игрой в Бундеслиге. 19 мая тренер сборной Германии Йоги Лёв пригласил его вместе с национальной командой в Азию на предстоящие матчи с Китаем и Объединёнными Арабскими Эмиратами. 2 июня в Дубае в игре против Эмиратов состоялся дебют Мануэля Нойера в главной сборной. Без особого труда немцы выиграли 7:2. Игроки защиты, и прежде всего партнер Нойера по клубу Хайко Вестерман, в тридцатиградусную жару выполняли свою работу неохотно. Несмотря на очевидную победу, 23-летнему дебютанту снова представилась возможность показать себя. Например, когда Хамис на 18-й минуте пытался забить головой или когда на 28-й удар наносил Салем. Газета «Зюддойче Цайтунг» писала: «Этот матч подарил немцам удовлетворительное завершение сезона. О том, какие выводы нужно сделать из вальяжной игры команды, тренер национальной сборной решит после отпуска. Нойер? Убедил».