Через две недели Мануэль Нойер поехал вместе со сборной в Швецию на чемпионат Европы U-21. Ему уже исполнилось 23 года (как и большинству других участников турнира), но в этом турнире важен возраст, в котором игрок начал выступать в квалификационных матчах. На групповом этапе команде тренера Хорста Хрубеша пришлось сразиться с Англией, Финляндией и Испанией. У финнов сборная выиграла 2:0, но это была единственная победа Германии в своей группе. С Испанией команда разошлась без забитых мячей, с Англией – ничьей 1:1. В конечном счёте немцы заняли второе место – на два очка позади Англии и на одно очко впереди испанцев.
В полуфинале молодёжная сборная играла с командой Италии и ее звездой Марио Балотелли. Благодаря невероятному Нойеру немцы победили 1:0. Голкипер блестяще парировал удары Себастьяна Джовинко на седьмой минуте и Марко Мотты на 17-й. На стороне юного голкипера оказалась и удача, когда Марко Андреолли отправлял мяч головой в перекладину. На 48-й минуте Андреасу Беку удалось открыть счет – 1:0, при этом визави Нойера, Андреа Консильи, выглядел неважно. Газета «Франкфуртер Альгемайне» подвела итог: «Нападающий Бек и невероятный вратарь Нойер вывели молодёжную сборную Германии в финал чемпионата Европы в Швеции».
Там им снова предстояло встретиться с англичанами. 29 июня 2009 года на стадионе «Сведбанк» в Мальмё на поле вышли шесть игроков, которые через пять лет станут чемпионами мира: Мануэль Нойер, Жером Боатенг, Бенедикт Хёведес, Матс Хуммельс, Сами Хедира (капитан) и Месут Озил. Но и другие 14 футболистов, которые участвовали в финальном матче, у всех на слуху: Деннис Аого, Андреас Бек, Себастьян Бёниш, Гонсало Кастро, Фабиан Джонсон, Марсель Шмельцер, Даниэль Шваб и Сандро Вагнер. Ашкан Дежага не смог сыграть в финале.
У «Трёх львов», которых тренировал Стюарт Пирс, среди прочих на поле вышли Джеймс Милнер, Тео Уолкотт и Киран Гиббс. Немцы уверенно победили 4:0 – забили Кастро, Озил и дважды Вагнер. Это был первый титул чемпионов Европы для молодёжной сборной Германии. Нойер в пяти играх пропустил лишь один мяч и вошёл в символическую сборную – вместе с Беком, Жеромом Боатенгом, Хёведесом и Озилом. Кроме того, игрок «Шальке» стал лучшим вратарём турнира и был осыпан похвалой. Хорст Хрубеш сказал про Нойера: «Даже если мяч меняет своё направление, он стоит в нужном углу». А интернет-журнал Spox.com написал: «На этом турнире Нойер перерос молодёжную сборную, теперь он – прямой кандидат в главную команду для участия в чемпионате мира-2010».
Нойер против Гросскройца