16 марта 2011 года Феликса Магата попросили немедля покинуть должность, несмотря на то что команда сыграла вничью в Валенсии (1:1), выиграла 3:1 в Гельзенкирхене и вышла в четвертьфинал Лиги чемпионов. Позднее Магат рассказывал, что «Шальке» стала чемпионом Германии благодаря ему и Нойеру, который стоял в воротах. Его преемником стал Ральф Рангник.
В эти неспокойные дни Мануэль Нойер выбрал крайне неудачный момент, чтобы заявить о своём переходе: «Я не хотел давать ещё больше поводов для беспокойства. Я подождал распределения позиций и тогда поговорил с менеджером Хорстом Хельдтом и тренером Ральфом Рангником. Всё было открыто и честно». Однако правильный момент был упущен, и у публики сложилось впечатление, что Нойер хотел её одурачить. Нойер рассказывает: «В то время мне пришлось нелегко. Я не знаю, правильно ли всегда оставаться таким преданным. Возможно, в будущем я должен больше думать о себе. Но я могу посмотреть в зеркало и сказать, что мне не в чем себя корить».
Так что Нойер молчал и следовал своим спортивным обязанностям. В четвертьфинале Лиги чемпионов «Шальке» едет в Милан на стадион «Джузеппе Меацца», место действия величайшего триумфа в истории клуба – победы в Кубке УЕФА в 1997 году против того же соперника. Почти 14 лет спустя матч начался для «Шальке» ударом ниже пояса: всего через 26 секунд после стартового свистка «Интер» вышел вперёд – 1:0. Эстебан Камбьяссо отдал передачу на Диего Милито, но Нойер ещё на границе штрафной площади отбил мяч головой. Тот отлетел почти к центральной линии, и Деян Станкович ударом с лёту, без подготовки, отправил его в пустые ворота. Однако в конце концов, «горнякам» и их фанатам довелось пережить ещё один волшебный матч в Милане. Команда Ральфа Рангникса сенсационно выиграла у «Интера» 5:2. На своём поле «Шальке» ограничился победой 2:1. Таким образом, «Шальке» наряду с «Манчестер Юнайтед», «Реалом» и «Барселоной» вышел в полуфинал Лиги чемпионов.
Три дня спустя, 16 апреля 2011 года, наступил тот самый момент: Нойер официально заявил, что к концу сезона он покинет клуб. А 20 апреля голкипер объявил о своём уходе на пресс-конференции, но лишь об уходе; клуб, в который он собрался переходить, он не назвал. У 25-летнего футболиста на глазах блестели слезы, его голос дрожал. Его неповоротливость выдавала то, как неловко он себя чувствовал. «Бог свидетель, это было нелёгкое решение. Мне понадобилось какое-то время, чтобы его принять. Я хочу развиваться и сделать следующий шаг в своей карьере. Я хочу всегда играть на высшем уровне, то есть в Лиге чемпионов. Шагнуть вперёд, как личность, быть самостоятельным. <…> Возможно, если бы я был фанатом, я бы не смог понять это решение. Но я – профессиональный футболист и должен думать иначе». Когда Нойера спросили о том, что он думает о враждебном отношении части баварских болельщиков в полуфинале Кубка Германии и о возможной реакции своих собственных фанатов во время предстоящей игры против «Кайзерслаутерна», голкипер ответил: «Гораздо тяжелее, когда тебя освистывает твоя собственная семья».