.
Организация ордена отличалась, как и сейчас, военной структурой и строгой централизацией, строясь по иерархическому принципу и включая несколько ступеней или классов. Первый класс составляют новиции (послушники), которые в течение двух лет проходят испытательный искус (новицитат), готовясь к пострижению. Они ещё не считаются членами Общества. Подготовка заключается в развитии у них абсолютного повиновения и преданности ордену: каждый должен порвать все связи с миром, отречься от личной воли, убеждений и отдать себя всецело в распоряжение ордена. В дополнениях к Конституции Лойола советовал старшим для испытания новициев приказывать им совершение преступных по видимости вещей, соизмеряя, впрочем, испытания с силами каждого отдельного новиция. Любовь к родным осуждалась как плотская склонность, и кто отказывался от своего имущества при вступлении в Общество, оставлял его не родным, а бедным. Все письма, которыми вступивший обменивался с родными, предварительно должны были быть прочитаны начальствующим над ним.
Новиции, выдержавшие испытания, переходят во второй класс — схоластов (учеников), которые в течение двух лет служат в качестве помощников в коллегиях и миссиях ордена. Затем идёт третий класс — духовных коадьютеров, которые дают три обета (в ордене есть и светские коадьютеры, которые не посвящаются в духовный сан и отвечают за содержание коллегий, миссий и обители). Наконец, высшую ступень иерархии Общества составляют профессы, которые дают четвёртый обет безусловного подчинения папе и выполняют особые миссии, важнейшие дела и поручения понтифика. Даже во время расцвета Общества их не бывало более пятидесяти человек.
Что касается территориальной организации, то нижнюю ступень составляли поселения, резиденции и миссии, затем шли коллегии и новициаты (учебные заведения) и дома профессов, сгруппированные в провинции, а последние были объединены в ассистенции, которыми управляли ассистенты.
Во главе ордена пожизненно стоял генерал, при котором состояли четыре ассистента, приставленный к генералу контролёр (адмонитор) и помощники генерала, которые образовывали «совет ордена», или его генеральный штаб с функциями и совещательной, и контролирующей инстанции. Но хотя и генерала, и совет избирала Генеральная конгрегация, представляющая собой законодательный орган, которому формально принадлежит высшая власть[13], в реальности глава ордена ни от кого, кроме папы, никогда не зависел и пользовался неограниченной законодательной и административной властью. Ведь и в генерале каждый иезуит должен был видеть самого Христа, передавая ему в руки свою совесть и волю. Так что Лойола создал монархическое правление, присвоив себе абсолютную власть и неограниченно руководя всеми действиями ордена